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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004082

染色体: Chr01 坐标: 59227164-59228256 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004082
名称SmilChr01G004082
描述uncharacterized SmilChr01G004082
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59227164 - 59228256 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999298
GeneID130999298
locus_tag-
NCBI NameLOC130999298
原始查询LOC130999298

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821824]; symbol=AT3G22530; hit=AT3G22530; species=arabidopsis; confidence=medium
产物heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821824]; symbol=AT3G22530; hit=AT3G22530; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G22530 (AT3G22530)
heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821824]
identity=48.8; qcov=1.05; evalue=1.55e-39; confidence=medium
RiceOs07g0173100
-
identity=54.9; qcov=0.866; evalue=2.45e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780793.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780793.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780793.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780793.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59227355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,A18,C71
Chr1:59227418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A18,C71,D11
Chr1:59227616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924810.1
TAAACCTAACAACGTTGGGTTAGGCCATAACCATTGTTAGTGCCCAAGATTTGCAGGTCATTTTCACAACCAAATACTGCTTTAGTTTAGCACCAAGATTTCTTCACTCTAATCTATCTATCTGCCCTATTAAATCAACCCAACCCAATTCTCTCGCACCTTCAAATTCATCACAAACGCTGCAATCGTGCGTCAAGCTCCCGTTACCGGATTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999298
ATGAAGGTCCACCCGGTGCCCGGTAGACGCAACATCACGCTGCGATACGACATCGCATCGGTGCTAGCGCAGGCGAGCATCTGCCGCCAGAAGAAGCTGCGGCGCCTGCCGCACATCTTCGCGAAGGTTCTGGAACTCCCCCTTCATTCGGACGCCGACGTTCTGGTCGTGGAGACCCCCGACTCCCTCATTTTCACCGCGTCCGCGGACGGAATCGGCGGCGGCGTCAGGGCCGACGCGGTGGAGATCTACCCTGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780793.1
MKVHPVPGRRNITLRYDIASVLAQASICRQKKLRRLPHIFAKVLELPLHSDADVLVVETPDSLIFTASADGIGGGVRADAVEIYPGVTKVVIRGSGVVDVSGTELELDLWRFRLPASMRPELASAAYEDGELVVTVPKGAAAEAEDEGGALVEDVGGGRFVFVQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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