当前解析结果
SmilChr08G004596| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004596 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004596 |
| 描述 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 55559131 - 55561307 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999299 |
|---|---|
| GeneID | 130999299 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999299 |
| 原始查询 | LOC130999299 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| 产物 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| Arabidopsis | AT5G14920 (AT5G14920)Gibberellin-regulated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831344] identity=66.1; qcov=0.437; evalue=2.08e-23; confidence=low |
| Rice | Os05g0432200- identity=58.7; qcov=0.528; evalue=4.01e-22; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02704 (GASA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999299 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057780790.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780790.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780790.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780790.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780790.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:55559366 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 35 | A20,B109,B118,B129,B136,B137,B139,B140,B18,B20,B3,B31,B42,B43,B51,B52,B55,B63,B67,B73,B75,C12,C14,C35,C4,C42,C45,C50,C53,C63,C64,C8,C83,D1,D11 |
Chr8:55559568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:55559582 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B17,B59,B92,C73 |
Chr8:55559584 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B17,B59,B92,C73 |
Chr8:55559590 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C65 |
Chr8:55560823 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr8:55560856 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C55 |
Chr8:55560883 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780790.1PF02704
GASA 82-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780790.1 |
Pfam | PF02704 |
GASA | Family | 82 | 142 | 5.6e-21 | 75.2 | Gibberellin regulated protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。