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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004596

染色体: Chr08 坐标: 55559131-55561307 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004596
名称SmilChr08G004596
描述gibberellin-regulated protein 14-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55559131 - 55561307 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999299
GeneID130999299
locus_tag-
NCBI NameLOC130999299
原始查询LOC130999299

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gibberellin-regulated protein 14-like
产物gibberellin-regulated protein 14-like
ArabidopsisAT5G14920 (AT5G14920)
Gibberellin-regulated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831344]
identity=66.1; qcov=0.437; evalue=2.08e-23; confidence=low
RiceOs05g0432200
-
identity=58.7; qcov=0.528; evalue=4.01e-22; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02704 (GASA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057780790.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780790.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780790.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780790.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55559366 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 35 A20,B109,B118,B129,B136,B137,B139,B140,B18,B20,B3,B31,B42,B43,B51,B52,B55,B63,B67,B73,B75,C12,C14,C35,C4,C42,C45,C50,C53,C63,C64,C8,C83,D1,D11
Chr8:55559568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:55559582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B17,B59,B92,C73
Chr8:55559584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B17,B59,B92,C73
Chr8:55559590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C65
Chr8:55560823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr8:55560856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C55
Chr8:55560883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780790.1
142 aa
N
1
71
142
GASA
C
PF02704 GASA 82-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780790.1 Pfam PF02704 GASA Family 82 142 5.6e-21 75.2 Gibberellin regulated protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924807.1
GAATTTAAATTAAATAATTAATATTATGCCAGATGCCATCTATATATTAAAACTATCTTCCAAATATCTAGATATGCATATATTTGTTGGCATTAAATTCTGGGACAGGGGCATCAATGTCAACATGAAGCAAATTACTCTATAAATTCACTACCAAGAGCTGGCTGGACTTCACACCACTAAACACTTTTTCACTTGCAAAAAATACTCATGGCTTCTAAATTGCTTTTTGCACTTGCTTTCTCTCTCTTCTTGCTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999299
ATGGCTTCTAAATTGCTTTTTGCACTTGCTTTCTCTCTCTTCTTGCTTTCTCAGGTTTCATCTGATTCAAAGAAGAATGAAGAATCCAGCCATGCTAGCCAAGCGTTACACGTTTTGAGCAGAGGTGACAGGAAACTAATGCATGCGGTGCTAGACGTCTCGAAGTATTTAAAGGCTCGACTGATACCCCGAGGTGTCGCCCTCGCCCCGGCTCCAGCCCCAAAGCCTAGCCACGGGGCGGTCGACTGCGGCGGGCTATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780790.1
MASKLLFALAFSLFLLSQVSSDSKKNEESSHASQALHVLSRGDRKLMHAVLDVSKYLKARLIPRGVALAPAPAPKPSHGAVDCGGLCKNRCSLHSRPNRCLRACGTCCARCKCVPPGTFGNREVCGTCYTNMTTHGNMSKCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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