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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004639

染色体: Chr08 坐标: 55919184-55925570 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004639
名称SmilChr08G004639
描述uncharacterized SmilChr08G004639
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55919184 - 55925570 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999359
GeneID130999359
locus_tag-
NCBI NameLOC130999359
原始查询LOC130999359

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835949]; symbol=AT5G58370; hit=AT5G58370; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835949]; symbol=AT5G58370; hit=AT5G58370; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G58370 (AT5G58370)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835949]
identity=66.8; qcov=1.01; evalue=2.04e-141; confidence=high
RiceOs03g0816400
-
identity=63.1; qcov=1.02; evalue=2.46e-132; confidence=high
GOGO:0005525 (GTP binding)
KEGG-
PfamPF01926 (MMR_HSR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780866.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780868.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057780868.1
4 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057780866.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55919993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr8:55920850 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A16,B103,C38
Chr8:55920850 T TG 1bp_insertion CDS_variant 3 A16,B103,C38
Chr8:55920856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C59,C82
Chr8:55920893 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 9 A20,A4,B24,B30,B34,C1,C12,C80,C87
Chr8:55922360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B71,C60
Chr8:55922774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C79,D7
Chr8:55922813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,D7
Chr8:55922848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,C11,C42,C69,D6
Chr8:55923300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:55923352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C12,C37,C39,C40,C56
Chr8:55923501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B88,C28,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780866.1
374 aa
N
1
187
374
MMR_HSR1
C
PF01926 MMR_HSR1 199-317 aa
XP_057780867.1
374 aa
N
1
187
374
MMR_HSR1
C
PF01926 MMR_HSR1 199-317 aa
XP_057780868.1
349 aa
N
1
174
349
MMR_HSR1
C
PF01926 MMR_HSR1 174-292 aa
XP_057780870.1
334 aa
N
1
167
334
MMR_HSR1
C
PF01926 MMR_HSR1 159-277 aa
XP_057780871.1
309 aa
N
1
154
309
MMR_HSR1
C
PF01926 MMR_HSR1 134-252 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780866.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 199 317 2.6e-19 70.1 50S ribosome-binding GTPase
XP_057780867.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 199 317 2.6e-19 70.1 50S ribosome-binding GTPase
XP_057780868.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 174 292 2.3e-19 70.3 50S ribosome-binding GTPase
XP_057780870.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 159 277 1.9e-19 70.5 50S ribosome-binding GTPase
XP_057780871.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 134 252 1.7e-19 70.7 50S ribosome-binding GTPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924888.1
AAAACTATCGCGCCTCCATTCCATTCCCAATTCAAGATCTGTCACTCGATTCAATTTCCAAGCTTCCAGCGGCGCGCCTGCCCTATTCTTCCCCCACACACTTCTTCTCCTCTTCTCCACGCACGCCGCGCCGCCGCGCCGTCTGCTGCTGCCCCGTCGTCTGCTGATGCCCCGTCGTGTGCACCTCTAGCGTCGACCTCTCCGTCTGCCTCTCCGTCTGCTGCTGCCGTCGACGTCAGCCTCTCCATCTGCTGCTGCCG...
XM_057924884.1
AAAACTATCGCGCCTCCATTCCATTCCCAATTCAAGATCTGTCACTCGATTCAATTTCCAAGCTTCCAGCGGCGCGCCTGCCCTATTCTTCCCCCACACACTTCTTCTCCTCTTCTCCACGCACGCCGCGCCGCCGCGCCGTCTGCTGCTGCCCCGTCGTCTGCTGATGCCCCGTCGTGTGCACCTCTAGCGTCGACCTCTCCGTCTGCCTCTCCGTCTGCTGCTGCCGTCGACGTCAGCCTCTCCATCTGCTGCTGCCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130999359
ATGAAAGCTCCTTTGGCCACACAAAAGGAGTTGAATCAGAGAATAAATGCAGTTGGTTCTGTCCGTCACAATAGAAAGGATCAGAGAATGAAGGCCTTGGTTAATGGTTCAGATTTAACAGAGGCACCACCTAAGAAGAAAAAACGAGGTATCCGGATAGATCCTTATGATACATCAAACAAGAGATTGGATGATAGCATATCTGATCAAGGTAATAATCAGGGGAAGGTGGATGAGACAGAAAGCAGTGGTTCTCAAAT...
LOC130999359
ATGAAAGCTCCTTTGGCCACACAAAAGGAGTTGAATCAGAGAATAAATGCAGTTGGTTCTGTCCGTCACAATAGAAAGGATCAGAGAATGAAGGCCTTGGTTAATGGTTCAGATTTAACAGAGGCACCACCTAAGAAGAAAAAACGAGGTATCCGGATAGATCCTTATGATACATCAAACAAGAGATTGGATGATAGCATATCTGATCAAGGTAATAATCAGGGGAAGGTGGATGAGACAGAAAGCAGTGGTTCTCAAAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057780866.1
MGRADKPKHVRDNGLGNVISKISDNRKAPLATQKELNQRINAVGSVRHNRKDQRMKALVNGSDLTEAPPKKKKRGIRIDPYDTSNKRLDDSISDQGNNQGKVDETESSGSQMSKNAQFRAICPSSSILSFVEDNLLGRRREIVFRRAGYDIELPAPLDNIPFSTTPERERIEVPAFRNKLEFFAAAKISSSFPPPDLPEIAFAGRSNVGKSSLLNALTRQWGVVRTSDKPGLTQSINFFKLGPKLCMVDLPGYGFAYAKE...
XP_057780867.1
MGRADKPKHVRDNGLGNVISKISDNRKAPLATQKELNQRINAVGSVRHNRKDQRMKALVNGSDLTEAPPKKKKRGIRIDPYDTSNKRLDDSISDQGNNQGKVDETESSGSQMSKNAQFRAICPSSSILSFVEDNLLGRRREIVFRRAGYDIELPAPLDNIPFSTTPERERIEVPAFRNKLEFFAAAKISSSFPPPDLPEIAFAGRSNVGKSSLLNALTRQWGVVRTSDKPGLTQSINFFKLGPKLCMVDLPGYGFAYAKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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