Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004658

染色体: Chr08 坐标: 56062964-56064768 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004658
名称SmilChr08G004658
描述5-OH-xanthotoxin synthase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56062964 - 56064768 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999363
GeneID130999363
locus_tag-
NCBI NameLOC130999363
原始查询LOC130999363

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述5-OH-xanthotoxin synthase-like
产物5-OH-xanthotoxin synthase-like
ArabidopsisAT3G26330 (CYP71B37)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237]
identity=43.6; qcov=1; evalue=6.09e-78; confidence=medium
RiceOs09g0441700
-
identity=39.9; qcov=1; evalue=2.54e-70; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780875.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057780875.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780875.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780875.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780875.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56063167 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 14 B1,B10,B121,B21,B41,B52,B55,C12,C16,C40,C46,C59,C7,D8
Chr8:56063249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B10,C69
Chr8:56063251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr8:56063283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C14,C78
Chr8:56063293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C48
Chr8:56063403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B15
Chr8:56063498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B35,B75,C29,C56
Chr8:56063565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr8:56064547 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 18 B100,B108,B134,B15,B48,B53,B57,B61,B64,B72,B97,C21,C24,C27,C28,C38,C52,C66
Chr8:56064549 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 18 B100,B108,B134,B15,B48,B53,B57,B61,B64,B72,B97,C21,C24,C27,C28,C38,C52,C66
Chr8:56064571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr8:56064587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780875.1
265 aa
N
1
132
265
p450
C
PF00067 p450 3-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780875.1 Pfam PF00067 p450 Domain 3 256 1.1e-71 242.8 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924892.1
GGGAAGAGCTATGGAAATTTCTTCCACCTTCTTCACGATGCAGAGGCTGTTCTTGGGGATTTATTCATGGAGATTTCTTGCCTTGGCTTCGATGGATTGATAATCTCTCTGGTATGGCGGCGAAGCTGGATAAGATTTTTCAAGACATGGATGCTTTCTGTGAAGAAGTGATTGAAGAGCACATGAAGCCGAATAGGCCGAAATCTATGGAAGGAGACATCATCGATGTTATGCTAAGGATGAAAAGAGATGGATCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999363
ATGGCGGCGAAGCTGGATAAGATTTTTCAAGACATGGATGCTTTCTGTGAAGAAGTGATTGAAGAGCACATGAAGCCGAATAGGCCGAAATCTATGGAAGGAGACATCATCGATGTTATGCTAAGGATGAAAAGAGATGGATCGGCTTCGTTTGATATCACACTTGATCACATCAAAGCACTACTTGTGGGTATAATAATCGGAGGCAGCGATGGGACTGCAACTGCTTTAGAGTGGGCGCTAACGGCGTTGATGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780875.1
MAAKLDKIFQDMDAFCEEVIEEHMKPNRPKSMEGDIIDVMLRMKRDGSASFDITLDHIKALLVGIIIGGSDGTATALEWALTALMKKPSSMKKVQAEIRQLAGKKEMIDEEDIEKLPYLRAVVKETLRLFPPGPLLLPRETIKKCSINGYVIEGGTMVYINAWAIARDPTTWENADEFLPERFLAAEIDVRGQNPKVIPFGFGRRGCPGIGMGMSAIELALANVLHKFEWELPHGMKEEDIDFDSEPGFGLHKKNALRLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器