Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004623

染色体: Chr08 坐标: 55764985-55767640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004623
名称SmilChr08G004623
描述uncharacterized SmilChr08G004623
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55764985 - 55767640 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999374
GeneID130999374
locus_tag-
NCBI NameLOC130999374
原始查询LOC130999374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0597300
-
identity=45.3; qcov=0.249; evalue=2.1e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780889.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780889.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780889.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780889.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55766216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B68,C82
Chr8:55766224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:55766762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:55766789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:55766803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B29,B54,B86
Chr8:55766812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:55766817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C6
Chr8:55766818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B106,B2,B8,C78
Chr8:55766878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B84,B93
Chr8:55766916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B29,B84
Chr8:55766919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:55766927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B47,B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924906.1
GAATGATGGGTTTGAAGCCGATGTAGAGCACACCTATGCGTCTGATTATGAAAATGAAACCCATGAATTTGTGTCTGAGGAGAGTGATTCTGATTTTGAACCACGATTGAGAAAAAAAAGACTCGTGTATGATCCGAAGTGTGACCATAGCAAACTTGAAATTGTCATAGGAATGCACTTTCAGGATGGTTTTCAGTGTAGAGAGGCTTTAACCACTTGGGCAGTTGAAAATGGTAGGTACATTCGGTTTAGGGCTGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999374
ATGAAGATTTCATGTCAAGGGACATCAAGAAATTCTATGTGGCCTGAAGTCGAGGGTGCCGTTGTTAAACCACCACCAAAAACAAGAATGCCTGGACGTCCCAAGAAGAAAAGGGTTCGGGCACCTCAAGAGAATGATGGAAGGATGACCAAACATGGACTAGCAATCAAGTGTAGCAACTGCAAGCAGACAGGGCATAACAAAAGGAAATGTATTGCTGCAGCCATCGAAAACCCCAACCCTAACAAGCGGAAGAGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780889.1
MKISCQGTSRNSMWPEVEGAVVKPPPKTRMPGRPKKKRVRAPQENDGRMTKHGLAIKCSNCKQTGHNKRKCIAAAIENPNPNKRKRGRPSKDGAPRKGSKEKQGNNPSEATSTSKQTATDPQSQTKIKSGSTQYKGRGAALKGIGVYVNEPTGNTFYHGSSSSKKVMLFQKYKKPRISKNKESGNTSTAQNSVVTGVETTQESRNEEASTQEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器