Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004714`

染色体: Chr08 坐标: 56551791-56553700 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004714`
名称	SmilChr08G004714
描述	uncharacterized SmilChr08G004714
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	56551791 - 56553700 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999382`
GeneID	`130999382`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999382`
原始查询	`LOC130999382`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999382

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057780896.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057780896.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057780898.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780896.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780896.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:56551956`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	71	A11,A13,A16,A2,A21,A23,A24,A8,A9,B102,B105,B109,B111,B112,B117,B121,B122,B123,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B133,B137,B14,B17,B18,B21,B23,B28,B31,B34,B35,B39,B48,B5,B53,B54,B59,B6,B66,B77,B80,B85,B87,B88,B9,B94,B95,C1,C11,C28,C29,C32,C33,C50,C54,C58,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C76,C83,C84,C85,D8
`Chr8:56552012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B121,C13,C59
`Chr8:56552043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B80,B87,D6
`Chr8:56552046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	105	A11,A14,A15,A19,A21,A7,B101,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B115,B117,B118,B12,B120,B122,B125,B126,B132,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B17,B19,B22,B25,B26,B28,B3,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B45,B48,B50,B52,B55,B56,B57,B58,B60,B62,B67,B68,B69,B7,B73,B75,B76,B79,B8,B86,B89,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C19,C2,C20,C27,C3,C31,C34,C36,C38,C39,C4,C41,C51,C52,C56,C59,C65,C69,C70,C72,C76,C77,C79,C82,D10,D11,D2,D7
`Chr8:56552058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	99	A11,A13,A16,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A6,A8,A9,B101,B102,B105,B106,B109,B111,B112,B114,B117,B121,B122,B123,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B137,B138,B14,B17,B18,B20,B21,B23,B28,B31,B34,B36,B39,B47,B48,B5,B53,B54,B56,B59,B6,B61,B63,B66,B68,B77,B78,B8,B80,B81,B83,B85,B88,B9,B94,B95,B96,B97,C1,C11,C12,C23,C29,C32,C33,C35,C40,C46,C47,C50,C52,C54,C58,C59,C64,C65,C66,C67,C68,C76,C79,C83,C84,C85,C9,D2,D8
`Chr8:56552080`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	A2,A3,A6,B101,B106,B125,B131,B138,B36,B53,B56,B61,B68,B8,B96,C33,C40,C46,C50,D2
`Chr8:56552090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A14,B119,B42,B43,B48,C38,C43
`Chr8:56552095`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	83	A11,A13,A18,A3,A5,A6,A7,A9,B10,B103,B105,B109,B110,B119,B12,B122,B127,B129,B130,B136,B137,B138,B139,B18,B21,B27,B3,B34,B39,B40,B42,B43,B45,B49,B50,B52,B53,B57,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B79,B81,B82,B88,B89,B91,B93,B97,B99,C1,C11,C13,C18,C25,C26,C28,C35,C37,C38,C40,C43,C44,C5,C54,C57,C6,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C80,C85,C86,C87,D11,D4,D5
`Chr8:56552156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B93,C53
`Chr8:56552156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C53
`Chr8:56552198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B93,C53
`Chr8:56552198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093479.1
ATTTGAATTTTGAATTTACAGTGAAAAGTGGAAACAAAAGAAAGCGCGCGTCGTCTCCTTCTTCATTTTTTTCATTCCTCCATTTTCTTCTATTTTTTGTTCTTTTTGTTTCCCATTCTCTGCTTTAATTTCTTCATCTCAATTTAACCAACTTCAACAAGAATTGAAATCCTTACACAACCCTCCTCCAAAGATCCCCTAAAAAAAAAAAAACCCTCCATGTTAAATACTTTTCGGCACGCAGCGGCGTCGCCGGAGAT...

XR_009093478.1
TTTTGAATTTACAGTGAAAAGTGGAAACAAAAGAAAGCGCGCGTCGTCTCCTTCTTCATTTTTTTCATTCCTCCATTTTCTTCTATTTTTTGTTCTTTTTGTTTCCCATTCTCTGCTTTAATTTCTTCATCTCAATTTAACCAACTTCAACAAGAATTGAAATCCTTACACAACCCTCCTCCAAAGATCCCCTAAAAAAAAAAAAACCCTCCATGTTAAATACTTTTCGGCACGCAGCGGCGTCGCCGGAGATAGTATTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130999382
ATGAGAGAAATGGCGAGGAATGAGGGCATACAAGCACATTGTTCTTGTGCACTACAGAGATATTCGTGTGTTTTGGCTAAATTGAGCAGGAGGGAGAGCCATCGTGCCAGATTATCAGTCCCATGTCCTTTACTGCAGGCAGTTGGTTATCAGATTAGGCAAGATGCTTGCAATGGTGACACGAAAGTGCCGATCAATGCACAGGAGATTACCACTATACAATACTCTCTTTATGCTGCTTTGTCTTGGTTACTTTTGTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057780896.1
MREMARNEGIQAHCSCALQRYSCVLAKLSRRESHRARLSVPCPLLQAVGYQIRQDACNGDTKVPINAQEITTIQYSLYAALSWLLLSINTATGRVSLQLPENAKKILKAIGEILKGNSSSVNLMKTP

XP_057780897.1
MREMARNEGIQAHCSCALQRYSCVLAKLSRRESHRARLSVPCPLLQAVGYQIRQDACNGDTKVPINAQEITTIQYSLYAALSWLLLSINTATGRVSLQLPENAKKILKAIGEILKGNSSSVNLMKTP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器