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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004723

染色体: Chr08 坐标: 56638096-56639169 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004723
名称SmilChr08G004723
描述uncharacterized SmilChr08G004723
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56638096 - 56639169 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999384
GeneID130999384
locus_tag-
NCBI NameLOC130999384
原始查询LOC130999384

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780899.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780899.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780899.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780899.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780899.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56638280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr8:56638331 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 12 A20,A9,B113,B12,B18,B22,B48,B86,C19,C41,C66,D7
Chr8:56638717 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B112,B36,B88
Chr8:56638717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B36,B88
Chr8:56638721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B94,C13,C6
Chr8:56638725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C47
Chr8:56638730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B76
Chr8:56638731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr8:56638748 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C21
Chr8:56638748 AGG A 2bp_deletion CDS_variant 1 C21
Chr8:56638753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:56638756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924916.1
TCAGCGCCTCCTCCTCAACCTCATTCCTCAAATCAGCGCCGCACAGCTCCCGCCTGCACCTGAACCTCGTCGCCCCACCCCCGTCGCAGATCTGTGCCTGCACCGCGCCGCCTGCACCTGAACCGCGTCGCCTGCACCGGTCCGCTCGTCGCGCCTGCATCTGCACCGCGCCGCGTCGCCGTATGCCTCTGCATCGCCGACTGCTCCAGAGATTGCACCGCGCCGCATCGCCGCCTGCATCTGCACCGGTCGCCGCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999384
ATGCCTCTGCATCGCCGACTGCTCCAGAGATTGCACCGCGCCGCATCGCCGCCTGCATCTGCACCGGTCGCCGCACCTGCATCTGCATCGCCGCGCGGCCCGCGCCGCCCCACCCTTCCGGCCGCAGATCTGCTCGCCGCCTGCTCCAGAGCTTGCATAGCGTCGCCGCACCGCCTGCACCCTGCCGGCCGCAGATCTGCTCGCCGCCTGCTCCAGAGCCTACAGCGCGTCGCCGCGCCTGTTTACTTGCTGCCGTGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780899.1
MPLHRRLLQRLHRAASPPASAPVAAPASASPRGPRRPTLPAADLLAACSRACIASPHRLHPAGRRSARRLLQSLQRVAAPVYLLPCLSISQPRMQLMDNSNLIENTPQVDEIMVEVNDVEKEVVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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