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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004750`

染色体: Chr08 坐标: 56862098-56864182 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004750`
名称	SmilChr08G004750
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	56862098 - 56864182 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999419`
GeneID	`130999419`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999419`
原始查询	`LOC130999419`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
产物	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
Arabidopsis	`AT3G25430` (AT3G25430) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822127] identity=49.3; qcov=1.16; evalue=2.25e-32; confidence=medium
Rice	`Os08g0440200` (OsCAF1-11) - identity=61.9; qcov=0.359; evalue=3.57e-09; confidence=low
GO	GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF04857 (CAF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780919.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057780919.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780922.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780919.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780919.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:56862671`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A11,A22,B117,B138,C15,C4,C57
`Chr8:56862943`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A11,A16,A19,A25,A4,B1,B120,B129,B21,B27,B35,B4,B41,B62,B65,B73,B8,B84,B89,B90,B92,C18,C23,C32,C36,C44,C64,C66,C68,C72,C78,C82,C85,C86,D1,D2,D6
`Chr8:56862984`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B104,B131,B68
`Chr8:56862984`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B104,B131,B68
`Chr8:56863263`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A11,A22,B117,B138,B41,B54,C15,C4,C57
`Chr8:56863267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,B86
`Chr8:56863270`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B2,B82,D10
`Chr8:56863270`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B2,B82,D10
`Chr8:56863466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B83,C79
`Chr8:56863495`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr8:56863495`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780919.1

137 aa

137

CAF1

PF04857 CAF1 39-127 aa

XP_057780920.1

137 aa

137

CAF1

PF04857 CAF1 39-127 aa

XP_057780921.1

136 aa

136

CAF1

PF04857 CAF1 30-126 aa

XP_057780922.1

117 aa

117

CAF1

PF04857 CAF1 39-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780919.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	39	127	1.7e-20	74.3	CAF1 family ribonuclease
`XP_057780920.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	39	127	1.7e-20	74.3	CAF1 family ribonuclease
`XP_057780921.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	30	126	5.8e-21	75.8	CAF1 family ribonuclease
`XP_057780922.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	39	111	1.9e-15	57.7	CAF1 family ribonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093511.1
TGCAAAATGTATCTCTGGCGCTCTCTCTGCATCGAAACAGCCGCCGGCCACCACCGCCGCCGCCGTCAATTACCGGTGGAGCAAGTGATTAAATCTAACTTCTCCGAGACTATAGCAGAATTCAAGGACAGCATATTTCCCCAGAGCTTTGTTAAGTTAAATTTAGCATTTCTTGAATTTTTATCTTTGCATCTGCGATTCAGTTTGATTACTGGCTTATTATTGTTGTGTGAAGATGAATTGAATTAAACTGCTATGAT...

XR_009093508.1
TGCAAAATGTATCTCTGGCGCTCTCTCTGCATCGAAACAGCCGCCGGCCACCACCGCCGCCGCCGTCAATTACCGGTGGAGCAAGTGATTAAATCTAACTTCTCCGAGACTATAGCAGAATTCAAGGACAGCATATTTCCCCAGAGCTTTGTTAAGTTAAATTTAGCATTTCTTGAATTTTTATCTTTGCATCTGCGATTCAGTTTGATTACTGGCTTATTATTGTTGTGTGAAGATGAATTGAATTAAACTGCTATGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130999419
ATGAATTGTTGTAACAATGAACATAAAACCGAGGATAATCTGATAAGTTCATTAAGGAAACTAGTAGGAAGATCTGAAATCTATGGTTCGAGACCATCCTTGACCATAGATGTCTGCAGCGAACGCCAGGTGCAGCTTATGTCAGAGAAGGAAATTCAAGATCTGGAAGAGGAGCAGGGAAGACTTGTTAGTGGCTTTCGAGAGGTGATAGACTTGATTTCTACTTCACAGAGGCTGGTTGTTGTGCACAACTCACTTAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057780919.1
MNCCNNEHKTEDNLISSLRKLVGRSEIYGSRPSLTIDVCSERQVQLMSEKEIQDLEEEQGRLVSGFREVIDLISTSQRLVVVHNSLNDFAFIHSKFLAPLPPTMNEFTSSLLSVYPHILDINHLMKEIGLFNKMTSR

XP_057780920.1
MNCCNNEHKTEDNLISSLRKLVGRSEIYGSRPSLTIDVCSERQVQLMSEKEIQDLEEEQGRLVSGFREVIDLISTSQRLVVVHNSLNDFAFIHSKFLAPLPPTMNEFTSSLLSVYPHILDINHLMKEIGLFNKMTSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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