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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004770`

染色体: Chr08 坐标: 57018696-57022268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004770`
名称	SmilChr08G004770
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57018696 - 57022268 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999427`
GeneID	`130999427`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999427`
原始查询	`LOC130999427`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
产物	poly(A)-specific ribonuclease PARN-like
Arabidopsis	`AT3G25430` (AT3G25430) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822127] identity=48.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0440200` (OsCAF1-11) - identity=50; qcov=0.438; evalue=8.78e-83; confidence=low
GO	GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04857 (CAF1); PF28940 (RRM_PARN_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999427

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057780932.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057780932.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780933.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057780933.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057780933.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57019225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B72,C32
`Chr8:57019436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C50
`Chr8:57019441`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B72
`Chr8:57019441`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B72
`Chr8:57019592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B88
`Chr8:57019595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr8:57019660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:57019976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,B87,C50
`Chr8:57020047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr8:57020143`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A22,B119,B12,B123,B136,B28,B81,C14,C41,C50,C59
`Chr8:57020145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B91,B94
`Chr8:57020297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780932.1

613 aa

306

613

CAF1

RRM_PARN_C

PF04857 CAF1 26-392 aa PF28940 RRM_PARN_C 472-574 aa

XP_057780933.1

612 aa

306

612

CAF1

RRM_PARN_C

PF04857 CAF1 26-391 aa PF28940 RRM_PARN_C 471-573 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780932.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	26	392	1.4e-61	209.2	CAF1 family ribonuclease
`XP_057780932.1`	Pfam	`PF28940`	RRM_PARN_C	Domain	472	574	3.2e-10	41.0	Poly(A)-specific ribonuclease PARN, RNA-recognition domain
`XP_057780933.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	26	391	1.3e-61	209.4	CAF1 family ribonuclease
`XP_057780933.1`	Pfam	`PF28940`	RRM_PARN_C	Domain	471	573	3.2e-10	41.0	Poly(A)-specific ribonuclease PARN, RNA-recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924949.1
AAATAATAAGAATTCAGTTCAAATAAATACACACAAAAACATAGTATTTCGTGCGAAATGTATCTCCGGCGCTCTCTATGCACCCAATCAGCCGCCGGCCACCGGCGCCGCCGTCAATTACCGGTGAAGCAAGTGATTAAATCTAACTTCTCCGAGACTATAGCAGAATTCAAGGACAGCATATTCAGCTCCGATTTCGTAGCGGTTTCGTTGCAGAAAACCGGCGGCTACTCCGCGCCGTGGCAAAAATTGCTTCCGAT...

XM_057924950.1
AAACATAGTATTTCGTGCGAAATGTATCTCCGGCGCTCTCTATGCACCCAATCAGCCGCCGGCCACCGGCGCCGCCGTCAATTACCGGTGAAGCAAGTGATTAAATCTAACTTCTCCGAGACTATAGCAGAATTCAAGGACAGCATATTCAGCTCCGATTTCGTAGCGGTTTCGTTGCAGAAAACCGGCGGCTACTCCGCGCCGTGGCAAAAATTGCTTCCGATTGACACGGAGGAGACGGCTTATTTGAAGGCCAAGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130999427
ATGTATCTCCGGCGCTCTCTATGCACCCAATCAGCCGCCGGCCACCGGCGCCGCCGTCAATTACCGGTGAAGCAAGTGATTAAATCTAACTTCTCCGAGACTATAGCAGAATTCAAGGACAGCATATTCAGCTCCGATTTCGTAGCGGTTTCGTTGCAGAAAACCGGCGGCTACTCCGCGCCGTGGCAAAAATTGCTTCCGATTGACACGGAGGAGACGGCTTATTTGAAGGCCAAGCGCGCCGCTGAGCGGTTTCAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057780932.1
MYLRRSLCTQSAAGHRRRRQLPVKQVIKSNFSETIAEFKDSIFSSDFVAVSLQKTGGYSAPWQKLLPIDTEETAYLKAKRAAERFQVLQFSVCPFSVKASKLIANPYNFQLFPRHEVKVGMPSYSFSCQSSCLTSMAQEGFDFNACVYNGISYLSRAQESAAKVQTGSVLLNSCSFQSTSAFTVADVIFAERIKTRVKNWMNGCNNQHKTEDTLISSLRKLVGRSEIYGSRPSLTIDVCSERQVQLTSEVLKEFVNIVLV...

XP_057780933.1
MYLRRSLCTQSAAGHRRRRQLPVKQVIKSNFSETIAEFKDSIFSSDFVAVSLQKTGGYSAPWQKLLPIDTEETAYLKAKRAAERFQVLQFSVCPFSVKASKLIANPYNFQLFPRHEVKVGMPSYSFSCQSSCLTSMAQEGFDFNACVYNGISYLSRAQESAAKVQTGSVLLNSCSFQSTSAFTVADVIFAERIKTRVKNWMNGCNNQHKTEDTLISSLRKLVGRSEIYGSRPSLTIDVCSERQVQLTSEVLKEFVNIVLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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