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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004767

染色体: Chr08 坐标: 57011719-57013806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004767
名称SmilChr08G004767
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57011719 - 57013806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999428
GeneID130999428
locus_tag-
NCBI NameLOC130999428
原始查询LOC130999428

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=35; qcov=1.02; evalue=3.23e-112; confidence=medium
RiceOs10g0497300 (PPR794)
-
identity=31.6; qcov=0.854; evalue=1.77e-76; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999428

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780934.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780934.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780934.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780934.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780934.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57011875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr8:57011905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C27
Chr8:57011925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:57011931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B21,B27,B41,C37
Chr8:57011975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B22,B65
Chr8:57011995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B75,C36,C82
Chr8:57012179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C66
Chr8:57012262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B99,C17,D10,D11
Chr8:57012349 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 A4,B19,B26,B87,B98,C25,C46,C69,C87
Chr8:57012351 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 9 A4,B19,B26,B87,B98,C25,C46,C69,C87
Chr8:57012412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B2,C7,C85
Chr8:57012433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B83,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780934.1
563 aa
N
1
282
563
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 85-132 aa PF12854 PPR_1 149-178 aa PF13041 PPR_2 153-203 aa PF01535 PPR 156-179 aa PF13812 PPR_3 221-271 aa PF12854 PPR_1 224-252 aa PF13041 PPR_2 226-275 aa PF23276 TPR_24 228-319 aa PF01535 PPR 230-259 aa PF12854 PPR_1 257-289 aa PF13041 PPR_2 261-306 aa PF01535 PPR 264-292 aa PF13812 PPR_3 285-331 aa PF12854 PPR_1 294-325 aa PF13041 PPR_2 296-334 aa PF01535 PPR 299-327 aa PF13812 PPR_3 323-379 aa PF12854 PPR_1 329-357 aa PF13041 PPR_2 331-371 aa PF01535 PPR 335-364 aa PF12854 PPR_1 363-391 aa PF13041 PPR_2 366-414 aa PF01535 PPR 369-391 aa PF23276 TPR_24 391-497 aa PF13812 PPR_3 397-445 aa PF13041 PPR_2 401-449 aa PF01535 PPR 404-433 aa PF12854 PPR_1 433-465 aa PF13041 PPR_2 436-484 aa PF01535 PPR 440-467 aa PF12854 PPR_1 467-498 aa PF13041 PPR_2 471-504 aa PF01535 PPR 474-504 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 85 132 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 149 178 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 153 203 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 156 179 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 221 271 2.2e-49 166.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 252 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 275 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 228 319 7e-23 81.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 259 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 289 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 306 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 292 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 285 331 2.2e-49 166.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 294 325 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 334 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 327 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 323 379 2.2e-49 166.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 329 357 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 371 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 364 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 363 391 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 414 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 391 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 391 497 7e-23 81.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780934.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 397 445 2.2e-49 166.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 401 449 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 404 433 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 433 465 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 436 484 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 467 1.1e-73 239.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 467 498 1.1e-102 336.1 PPR repeat
XP_057780934.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 504 3.4e-118 386.4 PPR repeat family
XP_057780934.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 474 504 1.1e-73 239.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924951.1
CCCTTCTTTCTAACCTAGCACTGCGAATTCCCCAAAACTCATTTTTCACTCACAAAACCCTAACTCTCCTCCTTCCCCAATTCTTCACCTTCCAAATTCAGCTTTCACATCTGAAATCCTACAAAACTATCCCAAGAATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGCTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTGCCATCGCCTCTCCACATTATCAATCATTTCTTCTACCCAGTTTTCATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999428
ATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGCTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTGCCATCGCCTCTCCACATTATCAATCATTTCTTCTACCCAGTTTTCATTTTGATAATGCCAGCTGCCAAATGAAGAGACGCTTCTCCGCCTATCCCAGATTCGATTTTGGATCTATACGTGAGCCCGATGATGCCGTCGCTCTATTCCGGGAGATGATGAGAACGCGGCCGCTCCCTTATGTTACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780934.1
MRSNHAAMFLARILSNSSSKFSTFAIASPHYQSFLLPSFHFDNASCQMKRRFSAYPRFDFGSIREPDDAVALFREMMRTRPLPYVTVFNKLLSTVVKMQQNTLALRLFDEMLQRDVPINHYTLNIAINCYCRLKRPDFGYAILGSFFKRGYEPDVVTFTTLIKGLLLVGRVPEAAKVLWKLSVYRLCEPNEQTHSTMINGICKAVGSLHALELLCLLEKEKGICKPNVYAYSAVIDSLFKEGKVDDALQLFSSLGDKGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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