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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004774

染色体: Chr08 坐标: 57051521-57056167 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004774
名称SmilChr08G004774
描述uncharacterized SmilChr08G004774
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57051521 - 57056167 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999441
GeneID130999441
locus_tag-
NCBI NameLOC130999441
原始查询LOC130999441

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=28; qcov=0.916; evalue=2.43e-31; confidence=low
RiceOs06g0704400
-
identity=36.6; qcov=0.919; evalue=2.92e-45; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999441

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780948.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057780948.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780948.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780948.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780948.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57053034 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A19,A3,B130,C61,C65
Chr8:57053034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,A3,B130,C61,C65
Chr8:57053058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C14
Chr8:57053078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,A3,B130,C61,C65
Chr8:57053079 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 77 A10,A13,A14,A15,A20,A25,A3,A5,B100,B101,B102,B11,B112,B12,B123,B129,B13,B133,B134,B135,B136,B14,B140,B22,B26,B28,B29,B32,B33,B35,B47,B48,B50,B51,B56,B72,B75,B77,B78,B8,B86,B88,B93,B96,B98,C12,C14,C15,C19,C2,C24,C25,C28,C29,C3,C34,C35,C38,C39,C41,C50,C52,C54,C56,C57,C59,C6,C63,C67,C7,C70,C85,D2,D3,D4,D6,D8
Chr8:57053130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B53,B91,B94
Chr8:57053159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B2,B53,B91,B94
Chr8:57053178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B53,B91,B94
Chr8:57053255 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B121,B135,B28,B47,B55,B97,B98,C42,C77,C79
Chr8:57053319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B35,B78,C85
Chr8:57053393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B2,B53,B91,B94
Chr8:57053418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B32,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780948.1
292 aa
N
1
146
292
MULE
C
PF10551 MULE 187-260 aa
XP_057780949.1
292 aa
N
1
146
292
MULE
C
PF10551 MULE 187-260 aa
XP_057780950.1
287 aa
N
1
144
287
MULE
C
PF10551 MULE 187-238 aa
XP_057780951.1
285 aa
N
1
142
285
MULE
C
PF10551 MULE 187-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780948.1 Pfam PF10551 MULE Domain 187 260 3.8e-07 31.1 MULE transposase domain
XP_057780949.1 Pfam PF10551 MULE Domain 187 260 3.8e-07 31.1 MULE transposase domain
XP_057780950.1 Pfam PF10551 MULE Domain 187 238 6.6e-07 30.3 MULE transposase domain
XP_057780951.1 Pfam PF10551 MULE Domain 187 259 3.2e-07 31.3 MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924966.1
AGTTGGCAAATGAACGTGCCTTGAACCGCTCAAGTTTGTGTCTTTCTTTGAGTTTTGGTGGTGGTCAGGTCCAAGACTAGTGTCAAAGGAATGAGCAACAGTGACATGTTTGCTATGTTTGTTCATCATGGGGGAGAATTTGTTAATTTAGGAGGTATGAAAATATATGCAGGGGGTGAAGCATATGGTGTATTTGATTTAGACCCTAATAAATTTGGAATGTGGGATTTGTTTGATGAACTAAAACATCTAGGTTATGT...
XM_057924965.1
ATATTTGAAACCACATATTTTGGTGATTTATTTAGATTATATATAATTGTGTTGGTAAGTTTTTATAGATTGAGCATAATTCAATTGTAATTACTGAAAGACAAATATAATTGTGAGTGGGAATTCGGAGCTGCTAGCTCACTAATAGGGGTTTGATTAATTGCTGATAAATATTTTTGTATTTTGCAGTGACATGTTTGCTATGTTTGTTCATCATGGGGGAGAATTTGTTAATTTAGGAGGTATGAAAATATATGCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999441
ATGAGATTTCAGGATGGTTTCCAAGCAAGAGAAGCATTGAAAACTCATGCAATTGAGAATGGGCAGCAAATTCATTTCTCAAGGACTTGCAAAGAAATGATGGAGGCCAACTGCACTCCACCTTGCAAGTGGAGATGCTATGGCAGCGTAGTGGAAGCAAATGGTGCATTTCTGATTAAGACTATGGGTGAACAACATTCATGCTCTAGGGTTATGAGAAACACTCAGGTCACATATGATTGGATAGCAAAGACATATTT...
LOC130999441
ATGAGATTTCAGGATGGTTTCCAAGCAAGAGAAGCATTGAAAACTCATGCAATTGAGAATGGGCAGCAAATTCATTTCTCAAGGACTTGCAAAGAAATGATGGAGGCCAACTGCACTCCACCTTGCAAGTGGAGATGCTATGGCAGCGTAGTGGAAGCAAATGGTGCATTTCTGATTAAGACTATGGGTGAACAACATTCATGCTCTAGGGTTATGAGAAACACTCAGGTCACATATGATTGGATAGCAAAGACATATTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057780948.1
MRFQDGFQAREALKTHAIENGQQIHFSRTCKEMMEANCTPPCKWRCYGSVVEANGAFLIKTMGEQHSCSRVMRNTQVTYDWIAKTYLNIFRVRPELKVKELKADLLSRYKCHVSNWKLYAAKQKAIEELRGSVEAHYAKLRSYVLELLRVDMEGRFVLDLDDGAIFRGIYTGFSALKKGFLMGCRRVIGLDGAFLKTYLGGVLLVDVGKDGNNQMFPIAWAVVEVENESCWKWFLSILIEDLGLSTGLGYTFISDQQKDL...
XP_057780949.1
MRFQDGFQAREALKTHAIENGQQIHFSRTCKEMMEANCTPPCKWRCYGSVVEANGAFLIKTMGEQHSCSRVMRNTQVTYDWIAKTYLNIFRVRPELKVKELKADLLSRYKCHVSNWKLYAAKQKAIEELRGSVEAHYAKLRSYVLELLRVDMEGRFVLDLDDGAIFRGIYTGFSALKKGFLMGCRRVIGLDGAFLKTYLGGVLLVDVGKDGNNQMFPIAWAVVEVENESCWKWFLSILIEDLGLSTGLGYTFISDQQKDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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