当前解析结果
SmilChr01G004100| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004100 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004100 |
| 描述 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59462223 - 59463940 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999443 |
|---|---|
| GeneID | 130999443 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999443 |
| 原始查询 | LOC130999443 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| 产物 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| Arabidopsis | AT3G22830 (HSFA6B)heat shock transcription factor A6B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821854] identity=48.8; qcov=1.01; evalue=4.03e-106; confidence=high |
| Rice | Os07g0178600 (HSFA2B)- identity=52; qcov=0.913; evalue=3.41e-97; confidence=high |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999443 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057780955.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780955.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780955.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780955.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057780955.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59463282 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,C36 |
Chr1:59463348 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C59 |
Chr1:59463626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr1:59463642 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A20,B1,B109,B125,B19,B7,B72,B90,B92,B94,C43,C48,C9,D11,D4,D7 |
Chr1:59463766 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780955.1PF00447
HSF_DNA-bind 44-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780955.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 44 | 133 | 5.6e-29 | 101.3 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。