Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004782`

染色体: Chr08 坐标: 57142182-57143238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004782`
名称	SmilChr08G004782
描述	transcription factor IBH1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57142182 - 57143238 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999458`
GeneID	`130999458`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999458`
原始查询	`LOC130999458`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor IBH1-like
产物	transcription factor IBH1-like
Arabidopsis	`AT2G43060` (IBH1) ILI1 binding bHLH 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818908] identity=36; qcov=0.948; evalue=2.02e-15; confidence=low
Rice	`Os04g0660100` (Os) - identity=32.8; qcov=0.806; evalue=7.18e-11; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF26576 (IBH1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780968.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780968.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780968.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780968.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780968.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57142493`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B1,B133,B17,B2,B41,B47,B53,B91,B94,C15,C35,C56
`Chr8:57142566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B46,C82
`Chr8:57142710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:57142767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,C47,C86
`Chr8:57142788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B46,C82
`Chr8:57142916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780968.1

155 aa

155

IBH1_N

PF26576 IBH1_N 13-79 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780968.1`	Pfam	`PF26576`	IBH1_N	Domain	13	79	6.8e-12	45.7	IBH1-like, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924985.1
TTCCCCTCTGCTGGCCCCCTTCTCAGTCTCACCTCCCATTTCCAATCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCGACATGATCAAAGATCAACGCACGTACTCTTTTGTTATATATATATAAACAGATCTCTCATGTCAGAACTCCCAACTGATCAAAGGAGGCCCTTCTTGTCAGAAACAAATCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999458
ATGAAGAGCACCTCCCCCCAAAACCCTAATCCCCTCAAGAAGAAGCTGGCCTCCCGATTTCTCAAAGCCATGAAGAAACTCAGCCACAAGATCTCATCGTCGCCATCGCCACCATCAACGGCGGAGAGGAGGAGGAGGCACCGCGCGGTGAGAGCAGCCGCCTACGCCTCCATGGCCTCCGCGGTCGGGCCGCGGAGGGCGTGGAGCCGGGCCCTGCTCAGGAAGCTCCGCAGCAAGGCGACGGCGACGAGTGGGAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780968.1
MKSTSPQNPNPLKKKLASRFLKAMKKLSHKISSSPSPPSTAERRRRHRAVRAAAYASMASAVGPRRAWSRALLRKLRSKATATSGRKTARRNPRNIGTRFLGLNELCDVVPGGKAMDSCSLLSETGHYIKCLRAQVQIMREILDSSSSSSSSRIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器