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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004787`

染色体: Chr08 坐标: 57186120-57188109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004787`
名称	SmilChr08G004787
描述	uncharacterized SmilChr08G004787
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57186120 - 57188109 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999459`
GeneID	`130999459`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999459`
原始查询	`LOC130999459`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogenic type III effector avirulence factor Avr AvrRpt-cleavage: cleavage site protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834906]; symbol=AT5G48500; hit=AT5G48500; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	pathogenic type III effector avirulence factor Avr AvrRpt-cleavage: cleavage site protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834906]; symbol=AT5G48500; hit=AT5G48500; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G48500` (AT5G48500) pathogenic type III effector avirulence factor Avr AvrRpt-cleavage: cleavage site protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834906] identity=47.1; qcov=0.914; evalue=5.6e-32; confidence=medium
Rice	`Os06g0347300` - identity=32.6; qcov=0.974; evalue=1.33e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05627 (AvrRpt-cleavage)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999459

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057780969.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057780969.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780969.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780969.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780969.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57186711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr8:57186756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr8:57186847`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	25	A14,A23,A25,A4,A8,B100,B101,B114,B117,B130,B15,B2,B23,B25,B41,B50,B54,B59,B60,B74,C48,C7,C77,D5,D8
`Chr8:57186851`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	26	A14,A23,A25,A4,A8,B100,B101,B114,B117,B130,B15,B2,B23,B25,B41,B50,B54,B59,B60,B74,C4,C48,C7,C77,D5,D8
`Chr8:57187455`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	21	A11,A19,A2,A22,B105,B112,B41,B54,B7,B78,B80,C15,C4,C49,C53,C57,C58,C77,C84,D6,D9
`Chr8:57187480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:57187498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780969.1

151 aa

151

AvrRpt-cleavage

PF05627 AvrRpt-cleavage 7-34 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780969.1`	Pfam	`PF05627`	AvrRpt-cleavage	Domain	7	34	4.6e-05	23.4	Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924986.1
AAACTTCTCATAGGTATTATACCCCTCCCCTCACCACCCCCCACCCCCAACTACCATCTCCATTACTACAATCCCTTCCTCCTCTGATAAAAGTGATAAAGATTTCACCAAATAAAGCTGAACTCAGAGCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTATTCTTTGATATCTGGGCTTCTTTGCTTTCCCTTTCTCATCTGTATACTAGCAGTGACATATACTCTTTTTCCCCCTCTTTCACTTTTAGTCTTTTCCTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999459
ATGGATGAATTCAACTTTAAGAGGAGCCATGTTCCTGCATTTGGGAGCTGGGATTGCAACGGCGAGTTGCCGTTCACGCAGTGCTTTGAGTCGGCGAGGGAGGCGGGGCTGCTGCGGTGCAGCTACACCGAGGAGCGTGACTTGTACGTCGCCGGCGATTTGTATGAGAATGATGCGTTCACTCCTGCTATGATTGTTGTACCTCGCCACAGAGGGAAAAATTCAAGAAAGAAAGAAGGGAAAAAAAAGAATGGGAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780969.1
MDEFNFKRSHVPAFGSWDCNGELPFTQCFESAREAGLLRCSYTEERDLYVAGDLYENDAFTPAMIVVPRHRGKNSRKKEGKKKNGSVVWDCGFDDLKAPPSPAGAAAPPCRPQPKAVDEDLYKISPDLLRAQSKRKRPWKLFSSCLPSCLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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