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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004843

染色体: Chr08 坐标: 57691150-57694047 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004843
名称SmilChr08G004843
描述nicotine N-demethylase CYP82E3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57691150 - 57694047 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999504
GeneID130999504
locus_tag-
NCBI NameLOC130999504
原始查询LOC130999504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nicotine N-demethylase CYP82E3-like
产物nicotine N-demethylase CYP82E3-like
ArabidopsisAT4G31940 (CYP82C4)
cytochrome P450, family 82, subfamily C, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829324]
identity=50.5; qcov=0.925; evalue=4.68e-164; confidence=high
RiceOs09g0441700
-
identity=35.2; qcov=0.983; evalue=8.43e-105; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999504

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781026.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057781026.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781026.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781026.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57691404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B45,B63,D4
Chr8:57691429 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B43
Chr8:57691429 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B43
Chr8:57691444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B2,B7
Chr8:57691549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:57691565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C14,D11
Chr8:57691612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr8:57691615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C65
Chr8:57691733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B108,B119,B46
Chr8:57691829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr8:57691910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr8:57691996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781026.1
531 aa
N
1
266
531
p450
C
PF00067 p450 42-512 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781026.1 Pfam PF00067 p450 Domain 42 512 2.4e-90 304.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925043.1
GAGATGTAATATGAAAATTTAACATCTAGATGAGACCAATAATTACTTTCATATACATCTTCACCAAGTCAACTACATCACTATCTTATTCTTTGATTCTTTCTTCTCAAATGATCAAAAACATCCAAAATTGAGAAATCCTCTCCCTCTCTCTCAAATGGACTTTCTCTCACATCTCCTACCTCTCTCCGGTGTTGTAATTATAGCTCTAATCGCGCTATACAACCACCGGAGAAGAAGCATCAACACCGACACCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999504
ATGGACTTTCTCTCACATCTCCTACCTCTCTCCGGTGTTGTAATTATAGCTCTAATCGCGCTATACAACCACCGGAGAAGAAGCATCAACACCGACACCAACACCAACAAGGGCAATTTCGCGCCAGAACCATCTGGCGCGTGGCCTATAATAGGCCACCTCCACCTCCTAGGCGAAAAAATCCCAATTTCAAGAATCCTAGGCGCTATGGCCGACAAACTCGGCCCCGTTTTCGCCCTACGCCTCGGCGTGCACCGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781026.1
MDFLSHLLPLSGVVIIALIALYNHRRRSINTDTNTNKGNFAPEPSGAWPIIGHLHLLGEKIPISRILGAMADKLGPVFALRLGVHRAVVVSSREAVKDCFTTNDRVLAKRPSSTAGIYLGYNHAGFGFAHGPYWREVRKLVLAEVLTPRRLDSLRPVREAELAASLGELHELVRGSDDQEREVAISEWLERLTLDTIMMMLAGKRCAERGGGDAAAEEEAKSLRHIIKQFMYISGQFVVSDSIPFPPLRWLDLQGHIKSM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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