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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004846`

染色体: Chr08 坐标: 57701642-57703313 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004846`
名称	SmilChr08G004846
描述	ninja-family protein Os03g0419100-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57701642 - 57703313 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999507`
GeneID	`130999507`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999507`
原始查询	`LOC130999507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ninja-family protein Os03g0419100-like
产物	ninja-family protein Os03g0419100-like
Arabidopsis	`AT3G07255` (AT3G07255) nuclear transport factor 2/RNA recognition motif protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718981] identity=73.4; qcov=0.189; evalue=1.14e-30; confidence=weak
Rice	`Os03g0419100` - identity=65.3; qcov=0.222; evalue=1.57e-23; confidence=weak
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0007165 (signal transduction); GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF16135 (TDBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781029.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781029.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781029.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781029.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781029.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57701682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:57701707`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	88	A10,A11,A21,A24,A5,A7,A9,B1,B10,B100,B111,B114,B115,B117,B118,B123,B126,B127,B13,B136,B137,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B21,B24,B25,B28,B36,B38,B39,B50,B52,B58,B59,B60,B63,B66,B69,B7,B72,B75,B78,B8,B80,B82,B87,B94,B97,B98,C10,C12,C13,C18,C2,C21,C24,C27,C30,C32,C33,C39,C40,C41,C44,C45,C50,C55,C56,C58,C59,C65,C66,C67,C7,C71,C77,C8,C80,C82,C83,C85,D2,D6,D7
`Chr8:57701712`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	C6,C78
`Chr8:57701712`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	C6,C78
`Chr8:57701715`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C9
`Chr8:57701715`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C9
`Chr8:57701718`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D4
`Chr8:57701718`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D4
`Chr8:57701721`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	19	A14,A25,B18,B27,B38,B39,B42,B43,B51,B67,B79,B84,C22,C30,C35,C43,C46,C79,C84
`Chr8:57701726`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C68
`Chr8:57701726`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C68
`Chr8:57701731`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B140,B61,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781029.1

338 aa

169

338

TDBD

PF16135 TDBD 301-334 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781029.1`	Pfam	`PF16135`	TDBD	Domain	301	334	1.8e-08	35.0	Tify domain binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925046.1
TCGTTTCTCTCTCATGCGTCTGCATTCAACGTTGTTCAAACCTAGTCCAACCGAAAATTTTGAAATTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAATGGGGGGTTGCGAGGAGCTGAGTTTGGAGCTGTCGATAGGGGGTAAGTACGCGGGAAAATCAGAGGATTTGGGGGAGAAAAGTAAGGAATTCCGCGGGATTAATTGCGAGAGAAGCGATTTGGGCGTTTCGCGATGTGATTTCTCCGGGGGGTGCGCCGAAGCGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999507
ATGCGTCTGCATTCAACGTTGTTCAAACCTAGTCCAACCGAAAATTTTGAAATTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAATGGGGGGTTGCGAGGAGCTGAGTTTGGAGCTGTCGATAGGGGGTAAGTACGCGGGAAAATCAGAGGATTTGGGGGAGAAAAGTAAGGAATTCCGCGGGATTAATTGCGAGAGAAGCGATTTGGGCGTTTCGCGATGTGATTTCTCCGGGGGGTGCGCCGAAGCGATGGATCTGCAGAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781029.1
MRLHSTLFKPSPTENFEIRERERERRMGGCEELSLELSIGGKYAGKSEDLGEKSKEFRGINCERSDLGVSRCDFSGGCAEAMDLQRRREIQASRRQEARRKREEKVKRSRGGNAVGFVDDKVFLEAQRFQERVRDREIREKDCFIEEGKSRKNGNGDELGLSLFSEEKGRERSGCLYPKVQLVQAKSDDSENSNGVKSLEQCSSAASDFLSMSQKGGSSSDAGSHVDQIDGHDSPSQAAEIERTKLAPTMNPQPTSTSEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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