Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004875`

染色体: Chr08 坐标: 57869714-57872162 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004875`
名称	SmilChr08G004875
描述	uncharacterized SmilChr08G004875
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57869714 - 57872162 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999532`
GeneID	`130999532`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999532`
原始查询	`LOC130999532`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0307900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0307900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G51172` (AT1G51172) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434] identity=26.7; qcov=0.372; evalue=1.97e-15; confidence=low
Rice	`Os02g0307900` - identity=28.5; qcov=0.355; evalue=8.74e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781066.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057781066.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057781066.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781066.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781066.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57870304`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B18
`Chr8:57870304`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B18
`Chr8:57870464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:57870472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B29
`Chr8:57870581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:57870586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B13,C39,C49
`Chr8:57870587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C35
`Chr8:57870607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr8:57870631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr8:57870638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B19,C1,C78
`Chr8:57870652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B94,C60
`Chr8:57870671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B30,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925084.1
TTGGATTGAATTGTAGTTTGATATGTGCTTGTTCGATATGAGTTGCGTCTTGGCTATAATATGTGCTTATTTGTTGTTGCTTGGTTGGTTGGTTGGTAGCTGTGGGCCTTTTTTAAACTCAAACTTGCTGCTTTATAGGATGTCTGATATGTCTTACCGAAGTGGGGACCACACGGGTTCGTCGGGTAGTTCCGTTAGGATATTTGGTGATGGAGAGAGTGCAATGTGTCTTGCCATTACGGGAAATGTGGTTGGGTCAA...

XM_057925083.1
TTGGATTGAATTGTAGTTTGATATGTGCTTGTTCGATATGAGTTGCGTCTTGGCTATAATATGTGCTTATTTGTTGTTGCTTGGTTGGTTGGTTGGTAGCTGTGGGCCTTTTTTAAACTCAAACTTGCTGCTTTATAGGATGTCTGATATGTCTTACCGAAGTGGGGACCACACGGGTTCGTCGGGTAGTTCCGTTAGGATATTTGGTGATGGAGAGAGTGCAATGTGTCTTGCCATTACGGGAAATGTGGTTGGGTCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130999532
ATGTGCTTGTTCGATATGAGTTGCGTCTTGGCTATAATATGTGCTTATTTGTTGTTGCTTGGTTGGTTGGTTGGTAGCTGTGGGCCTTTTTTAAACTCAAACTTGCTGCTTTATAGGATGTCTGATATGTCTTACCGAAGTGGGGACCACACGGGTTCGTCGGGTAGTTCCGTTAGGATATTTGGTGATGGAGAGAGTGCAATGTGTCTTGCCATTACGGGAAATGTGGTTGGGTCAAGTTGGGCTAAGTTGCCTGCTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781066.1
MCLFDMSCVLAIICAYLLLLGWLVGSCGPFLNSNLLLYRMSDMSYRSGDHTGSSGSSVRIFGDGESAMCLAITGNVVGSSWAKLPAKKSGIGFGVNSFGPIVGSEKMGDTLPKNNRVSKINSEDYLHWIRRAYSIPEWASLHAPDTSLRPNWDVEGMVCMYELPFTLGLRLPLPRLVVELCNYYRISPSQLMPNTWRILMAAEVFAERKGFDINIYDVLYAYQLGETRIDKGRYQFNSRSDAPILITNLPEDRTKWKEKY...

XP_057781067.1
MCLFDMSCVLAIICAYLLLLGWLVGSCGPFLNSNLLLYRMSDMSYRSGDHTGSSGSSVRIFGDGESAMCLAITGNVVGSSWAKLPAKKSGIGFGVNSFGPIVGSEKMGDTLPKNNRVSKINSEDYLHWIRRAYSIPEWASLHAPDTSLRPNWDVEGMVCMYELPFTLGLRLPLPRLVVELCNYYRISPSQLMPNTWRILMAAEVFAERKGFDINIYDVLYAYQLGETRIDKGRYQFNSRSDAPILITNLPEDRTKWKEKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器