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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004896

染色体: Chr08 坐标: 57996952-58003118 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004896
名称SmilChr08G004896
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57996952 - 58003118 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999550
GeneID130999550
locus_tag-
NCBI NameLOC130999550
原始查询LOC130999550

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
ArabidopsisAT3G24840 (AT3G24840)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822082]
identity=51.5; qcov=1.01; evalue=9.7e-167; confidence=high
RiceOs02g0721800 (OsSNDP8)
-
identity=46.4; qcov=1.05; evalue=4.45e-143; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781088.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057781094.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057781094.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057781094.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057781094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57997427 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B57,B71,B83,C33,C51,C6
Chr8:57997447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B72,C21,C75
Chr8:57997581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B65,B74,C11,C69
Chr8:57997629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:57997844 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C57
Chr8:57997844 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C57
Chr8:57997882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B28,B47,B55,B72
Chr8:57998050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:57999663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C64
Chr8:57999664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C2
Chr8:58000010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:58000011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781088.1
598 aa
N
1
299
598
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 99-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 151-310 aa
XP_057781089.1
598 aa
N
1
299
598
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 99-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 151-310 aa
XP_057781090.1
596 aa
N
1
298
596
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 97-118 aa PF00650 CRAL_TRIO 149-308 aa
XP_057781091.1
595 aa
N
1
298
595
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 96-117 aa PF00650 CRAL_TRIO 148-307 aa
XP_057781093.1
591 aa
N
1
296
591
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 92-113 aa PF00650 CRAL_TRIO 144-303 aa
XP_057781094.1
481 aa
N
1
240
481
CRAL_TRIO
C
PF00650 CRAL_TRIO 34-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781088.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 99 120 4.8e-06 27.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781088.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 151 310 5e-28 98.6 CRAL/TRIO domain
XP_057781089.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 99 120 4.8e-06 27.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781089.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 151 310 5e-28 98.6 CRAL/TRIO domain
XP_057781090.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 97 118 4.8e-06 27.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781090.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 149 308 4.9e-28 98.6 CRAL/TRIO domain
XP_057781091.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 96 117 4.8e-06 27.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781091.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 307 4.9e-28 98.6 CRAL/TRIO domain
XP_057781093.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 92 113 4.7e-06 27.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781093.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 144 303 4.8e-28 98.6 CRAL/TRIO domain
XP_057781094.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 34 193 1.1e-27 97.4 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925106.1
CACACACACACATATATATATATATATATATATATATTATGCATATGTGTGTATTATACACACAAAATACTGCTATCGAGGCATTCACGGGAATAGCATTTTCTAGAGAGAGAGAGAATGAGATTGATCTGAAAGCAGCCTTAACTAATTCCCCGCACTCTACGTGAGCTGCAAATGCGTGCTTGTGCGTGTATTTAAGTTATAAGTCGGCGTGGCGGAGAGGAGCGATCGTCGATTGCCGATCGCCATCACAATTCGAA...
XM_057925108.1
ACACACACACATATATATATATATATATATATATATTATGCATATGTGTGTATTATACACACAAAATACTGCTATCGAGGCATTCACGGGAATAGCATTTTCTAGAGAGAGAGAGAATGAGATTGATCTGAAAGCAGCCTTAACTAATTCCCCGCACTCTACGTGAGCTGCAAATGCGTGCTTGTGCGTGTATTTAAGTTATAAGTCGGCGTGGCGGAGAGGAGCGATCGTCGATTGCCGATCGCCATCACAATTCGAAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130999550
ATGCTGCTACTTTTGGAAGATGGAAGGGGAGATAGATTTGGTCATGAGATCATGTCTGAGGATGATAAAAGGAGGCGTCGGATGAGATCTTTGAGGAAAAAGGCAATGAACCCTTCAACAAGGACTGTGCGGGAGTCGAGGAAACATGGACAGAGGAAGGTGCATTGCCTGTTTGCCTCAGTTTGTACTGAAGAGTTTCTGGATAAGGAGGAAGAGATAGTGGTTAATGCATTTCGTCGAGCTTTGGTTGAAAGGGACAT...
LOC130999550
ATGCCAGATGGAAGGGGAGATAGATTTGGTCATGAGATCATGTCTGAGGATGATAAAAGGAGGCGTCGGATGAGATCTTTGAGGAAAAAGGCAATGAACCCTTCAACAAGGACTGTGCGGGAGTCGAGGAAACATGGACAGAGGAAGGTGCATTGCCTGTTTGCCTCAGTTTGTACTGAAGAGTTTCTGGATAAGGAGGAAGAGATAGTGGTTAATGCATTTCGTCGAGCTTTGGTTGAAAGGGACATCCTTCTGGCTCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057781088.1
MPELVLVHEDGRGDRFGHEIMSEDDKRRRRMRSLRKKAMNPSTRTVRESRKHGQRKVHCLFASVCTEEFLDKEEEIVVNAFRRALVERDILLAHFDDYHTMLRFLKARKFDLDKTVQMWEEMLNWRKENGVDTIIQDFIYEEFEEVQLYYPHGYHGVDKGGRPVYIERLGKVEPSKLMNVTTVDRFLKYHVQGFEKAFAEKFAACSIAAKRHIDSTTTILDVHGLNWMSFGKIARDLVMRMQRIDSSNYPETLHQMFIVN...
XP_057781089.1
MPELVLVHEDGRGDRFGHEIMSEDDKRRRRMRSLRKKAMNPSTRTVRESRKHGQRKVHCLFASVCTEEFLDKEEEIVVNAFRRALVERDILLAHFDDYHTMLRFLKARKFDLDKTVQMWEEMLNWRKENGVDTIIQDFIYEEFEEVQLYYPHGYHGVDKGGRPVYIERLGKVEPSKLMNVTTVDRFLKYHVQGFEKAFAEKFAACSIAAKRHIDSTTTILDVHGLNWMSFGKIARDLVMRMQRIDSSNYPETLHQMFIVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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