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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004897

染色体: Chr08 坐标: 58005153-58006925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004897
名称SmilChr08G004897
描述cytochrome b5-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58005153 - 58006925 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999552
GeneID130999552
locus_tag-
NCBI NameLOC130999552
原始查询LOC130999552

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome b5-like
产物cytochrome b5-like
ArabidopsisAT5G48810 (CB5-D)
cytochrome B5 isoform D [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834939]
identity=72.7; qcov=1; evalue=1.05e-68; confidence=high
RiceOs01g0971500
-
identity=72.5; qcov=0.992; evalue=5.4e-71; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00173 (Cyt-b5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781096.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057781096.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781096.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781096.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781096.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781096.1
132 aa
N
1
66
132
Cyt-b5
C
PF00173 Cyt-b5 6-77 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781096.1 Pfam PF00173 Cyt-b5 Domain 6 77 7e-30 103.6 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925113.1
GACAAGTTTGATTGCACCACATATTTGGAATACCCAAATTTTGGTAGATAGTCTAAAATATTTAATTTAATTTAATTTTCAACAAAATATAATGAATTTATATAATATTATTTCGAATCTAATAAATCTCAGTAATTTAGAACACATGCCATAAAATCACCGAGCTGGTTGTTGGGAGGATTTCTCAGGCGAAATTTTCCAATCTCACCAACCCCACCGCAAAATTGAATTACACAGATTCACACTCTCATTAAAACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999552
ATGTCTAAGGTTTTTACTTTGGCTGAGGTCTCTGAGCACAGCACCAACAAGGATTGTTGGCTCTTAATCGGGGGAAAGGTTTATGATGTGACGAAATTCTTGGATGATCATCCAGGAGGCGATGAAGTTTTGTTGCAGTCGACAGGGAAGGACGCGACCGATGATTTTGAGGATGTGGGGCACAGCTCGACTGCAAGGGCCATGTTGGACGAGTACTATGTGGGCGACATTGATTCAGCGACCATTCCCAGCAAGGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781096.1
MSKVFTLAEVSEHSTNKDCWLLIGGKVYDVTKFLDDHPGGDEVLLQSTGKDATDDFEDVGHSSTARAMLDEYYVGDIDSATIPSKATYTPPKQVQLNQDKSPGLLIRLLQILVPLLILGVAVGVRFYTKSSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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