Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004907`

染色体: Chr08 坐标: 58063564-58064755 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004907`
名称	SmilChr08G004907
描述	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58063564 - 58064755 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999559`
GeneID	`130999559`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999559`
原始查询	`LOC130999559`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
产物	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
Arabidopsis	`AT2G44300` (AT2G44300) Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819038] identity=50.7; qcov=0.743; evalue=2.62e-45; confidence=medium
Rice	`Os03g0167000` (OsLTPG2) - identity=50.7; qcov=0.754; evalue=5.24e-43; confidence=medium
GO	GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999559

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057781102.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057781102.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781102.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781102.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781102.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58063852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B55,C42
`Chr8:58063939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B75,B80,C53,D6
`Chr8:58064158`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,D5
`Chr8:58064450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr8:58064478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,D10
`Chr8:58064481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781102.1

191 aa

191

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 26-106 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 31-105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781102.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	26	106	7.3e-14	52.4	Probable lipid transfer
`XP_057781102.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	31	105	2.3e-11	44.5	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925119.1
AAGAAAATTAAATTTCCCAACTTCCCCCAACCCCACCTCTAACTCCCTTTACAAGCTGCTACTGCAAACTAGAAAAGCAAATAGTATATTATATAAGTAACATTCTATAAGTCTCTCTCTCTCTCTAAGTTATAGCAAAATGGAGTTTCAAAACTTTTGCTTGGTATGCATCTCGATGCTTATTCTATTGAATTTTGCAGAGTGTGATGTAAAGGAAGATAGAGAAAAATGTGAAAATCAACTAATAGGGCTGGCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999559
ATGGAGTTTCAAAACTTTTGCTTGGTATGCATCTCGATGCTTATTCTATTGAATTTTGCAGAGTGTGATGTAAAGGAAGATAGAGAAAAATGTGAAAATCAACTAATAGGGCTGGCAACATGCCTGCCCTATGTGACCGGGGAGTCCAAGGCCCCCGCGAGCGATTGTTGCACTGGCTTCAAACAAGTCTTGAGAGATAGCCGCGAGTGCATCTGCATTTTGATCAAAGATCGAAACGACCCGAGTCTAGGGTTCAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781102.1
MEFQNFCLVCISMLILLNFAECDVKEDREKCENQLIGLATCLPYVTGESKAPASDCCTGFKQVLRDSRECICILIKDRNDPSLGFKINATLALSLPAKCKAPVNESITECPTLLHLPPNSPDAKVFDDFAKSASKSNTTTTTPTASSSSDSSASTTANEKSDGGEKKILIEAQRVVGVFIAMGALHIFMNR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器