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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004908

染色体: Chr08 坐标: 58065388-58069286 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004908
名称SmilChr08G004908
描述uncharacterized SmilChr08G004908
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58065388 - 58069286 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999561
GeneID130999561
locus_tag-
NCBI NameLOC130999561
原始查询LOC130999561

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF538 family protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841971]; symbol=AT1G55265; hit=AT1G55265; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DUF538 family protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841971]; symbol=AT1G55265; hit=AT1G55265; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G55265 (AT1G55265)
DUF538 family protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841971]
identity=52.1; qcov=0.786; evalue=8.82e-39; confidence=medium
RiceOs03g0692700 (OSJNBb0021O11.27)
-
identity=45.7; qcov=0.753; evalue=1.43e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04398 (DUF538)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999561

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057781105.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781105.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781105.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781105.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781105.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58065484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr8:58065503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B36
Chr8:58065534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:58065859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr8:58065860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:58065862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:58065872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,C23,C27,C5,C8
Chr8:58065907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B54,B76,C74,D5
Chr8:58065911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B76,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781105.1
154 aa
N
1
77
154
DUF538
C
PF04398 DUF538 26-135 aa
XP_057781106.1
154 aa
N
1
77
154
DUF538
C
PF04398 DUF538 26-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781105.1 Pfam PF04398 DUF538 Family 26 135 6.8e-28 98.1 Protein of unknown function, DUF538
XP_057781106.1 Pfam PF04398 DUF538 Family 26 135 6.8e-28 98.1 Protein of unknown function, DUF538

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925122.1
ATCGTTAATGTATAAATTTTCTAATTATCAATACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAACAATGGCACACTTCGCCATAGCACTACTCTCTCTCATCTTCCTCTCTTCAGCGCACCTCTCTCTCTCCGCGATCGACGTCCACGACCTTCTCCCTCTCTTCAACCTCCCCAAGGGGATTATACCGCGGGAAATAAAGTCGTTTTCCTTCTCCAACACCGACAATTCCTTCACGCTCGAGCTGAGCTCAAACCCTTG...
XM_057925123.1
ATCGTTAATGTATAAATTTTCTAATTATCAATACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAACAATGGCACACTTCGCCATAGCACTACTCTCTCTCATCTTCCTCTCTTCAGCGCACCTCTCTCTCTCCGCGATCGACGTCCACGACCTTCTCCCTCTCTTCAACCTCCCCAAGGGGATTATACCGCGGGAAATAAAGTCGTTTTCCTTCTCCAACACCGACAATTCCTTCACGCTCGAGCTGAGCTCAAACCCTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999561
ATGGCACACTTCGCCATAGCACTACTCTCTCTCATCTTCCTCTCTTCAGCGCACCTCTCTCTCTCCGCGATCGACGTCCACGACCTTCTCCCTCTCTTCAACCTCCCCAAGGGGATTATACCGCGGGAAATAAAGTCGTTTTCCTTCTCCAACACCGACAATTCCTTCACGCTCGAGCTGAGCTCAAACCCTTGCTACGTCACATTCGACGATCAGCTCGTCTTCTACGACAGGATCATCGAGGGGAAGCTCGAGTACGG...
LOC130999561
ATGGCACACTTCGCCATAGCACTACTCTCTCTCATCTTCCTCTCTTCAGCGCACCTCTCTCTCTCCGCGATCGACGTCCACGACCTTCTCCCTCTCTTCAACCTCCCCAAGGGGATTATACCGCGGGAAATAAAGTCGTTTTCCTTCTCCAACACCGACAATTCCTTCACGCTCGAGCTGAGCTCAAACCCTTGCTACGTCACATTCGACGATCAGCTCGTCTTCTACGACAGGATCATCGAGGGGAAGCTCGAGTACGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781105.1
MAHFAIALLSLIFLSSAHLSLSAIDVHDLLPLFNLPKGIIPREIKSFSFSNTDNSFTLELSSNPCYVTFDDQLVFYDRIIEGKLEYGKVSGVSGIQAKKFFIWVSVTGMEVDEENDLIEFHVGALSKKLPAADFQRVPSCKSKGLRDLSSSASI
XP_057781106.1
MAHFAIALLSLIFLSSAHLSLSAIDVHDLLPLFNLPKGIIPREIKSFSFSNTDNSFTLELSSNPCYVTFDDQLVFYDRIIEGKLEYGKVSGVSGIQAKKFFIWVSVTGMEVDEENDLIEFHVGALSKKLPAADFQRVPSCKSKGLRDLSSSASI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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