当前解析结果
SmilChr08G004938| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004938 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004938 |
| 描述 | protein MET1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 58277447 - 58279249 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999589 |
|---|---|
| GeneID | 130999589 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999589 |
| 原始查询 | LOC130999589 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein MET1, chloroplastic |
| 产物 | protein MET1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G55480 (ZKT)protein containing PDZ domain, a K-box domain, and a TPR region [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841995] identity=67.7; qcov=0.976; evalue=2.96e-149; confidence=high |
| Rice | Os07g0171100 (P0496D04.12-1)- identity=63.3; qcov=1.04; evalue=1.12e-148; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999589 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057781140.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057781140.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057781140.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057781140.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781140.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:58278074 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:58278079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B56,B79,B96,B98 |
Chr8:58278284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B78,B98,C82 |
Chr8:58279042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr8:58279059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B31,C21,C47 |
Chr8:58279079 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。