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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004938

染色体: Chr08 坐标: 58277447-58279249 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004938
名称SmilChr08G004938
描述protein MET1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58277447 - 58279249 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999589
GeneID130999589
locus_tag-
NCBI NameLOC130999589
原始查询LOC130999589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MET1, chloroplastic
产物protein MET1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G55480 (ZKT)
protein containing PDZ domain, a K-box domain, and a TPR region [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841995]
identity=67.7; qcov=0.976; evalue=2.96e-149; confidence=high
RiceOs07g0171100 (P0496D04.12-1)
-
identity=63.3; qcov=1.04; evalue=1.12e-148; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781140.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057781140.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057781140.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057781140.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781140.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58278074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:58278079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B56,B79,B96,B98
Chr8:58278284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B98,C82
Chr8:58279042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr8:58279059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B31,C21,C47
Chr8:58279079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925157.1
CAACGGCATTCCATAACCACTAGTCTGTTGTCTTCCTCCACTCTCTGCAAAATCCAGAGAGAGAGAGAAGAGAGAGAGAGGTGTGAATTCTGCGTCCATGGCGTCAAGTAGCTACACTTCGCTGTGTTCTTCCCCGACTCTGCCGACGAGACTATCCCCATCTCCATCGCCCAAGCAATCTCTCTGCTTCCTGCTCAACCTCAATCACACCAAGGCCACCTCATCTCTCACAAATTCCTGCAGTCTCCATTTGCTGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999589
ATGGCGTCAAGTAGCTACACTTCGCTGTGTTCTTCCCCGACTCTGCCGACGAGACTATCCCCATCTCCATCGCCCAAGCAATCTCTCTGCTTCCTGCTCAACCTCAATCACACCAAGGCCACCTCATCTCTCACAAATTCCTGCAGTCTCCATTTGCTGAAACCGTCGATTTTGGCGGCCAAAGCGTCCGAGACCAACGCCGAGACATCCAAGGAGCAAGAGGAGGACAAGTACGAGGAGTATGAGGTGGAGATAGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781140.1
MASSSYTSLCSSPTLPTRLSPSPSPKQSLCFLLNLNHTKATSSLTNSCSLHLLKPSILAAKASETNAETSKEQEEDKYEEYEVEIVQPYGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGSADKSGKFTVGDRVLATSAVFGEEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLMKMQKRYGKTDYTGELTEKEIIRFERNSGVVSNKVREIQMQNYLRKKEQKEQRERELREGLKLYKSGKYEEALEKFESVLGSKPDPNEASIASYNVACCYANLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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