当前解析结果
SmilChr01G004117| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004117 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004117 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59688754 - 59689723 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999591 |
|---|---|
| GeneID | 130999591 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999591 |
| 原始查询 | LOC130999591 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 4-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor 4-like |
| Arabidopsis | AT1G28360 (ERF12)ERF domain protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839732] identity=87.7; qcov=0.38; evalue=4.86e-29; confidence=low |
| Rice | Os05g0497200 (ERF130)- identity=80.7; qcov=0.38; evalue=1.54e-26; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999591 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781149.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781149.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781149.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781149.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057781149.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59689127 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B3,B5,B69,B85,C40 |
Chr1:59689164 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr1:59689187 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr1:59689426 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,A7,B12,B98,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781149.1PF00847
AP2 19-69 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781149.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 19 | 69 | 4.5e-15 | 56.4 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。