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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004954

染色体: Chr08 坐标: 58381652-58389597 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004954
名称SmilChr08G004954
描述RGS1-HXK1-interacting protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58381652 - 58389597 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999602
GeneID130999602
locus_tag-
NCBI NameLOC130999602
原始查询LOC130999602

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RGS1-HXK1-interacting protein 1
产物RGS1-HXK1-interacting protein 1
ArabidopsisAT4G26410 (AT4G26410)
chromosome-associated kinesin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828747]
identity=61.9; qcov=0.844; evalue=7.98e-80; confidence=high
RiceOs03g0324800
-
identity=41.6; qcov=0.741; evalue=5.35e-38; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF27724 (RHIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057781160.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057781160.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781160.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781160.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781160.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58382017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:58389215 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 46 A14,A20,A23,B1,B114,B122,B129,B13,B137,B138,B139,B15,B17,B21,B22,B26,B32,B35,B41,B46,B53,B58,B64,B66,B80,B81,B87,B89,C19,C20,C22,C30,C34,C41,C46,C48,C50,C59,C61,C72,C76,C8,C81,C9,D3,D4
Chr8:58389311 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 106 A16,A19,A2,A21,A22,A23,A5,A7,A8,B10,B107,B109,B11,B111,B114,B115,B118,B119,B121,B127,B132,B133,B136,B137,B138,B16,B20,B23,B25,B26,B3,B30,B32,B33,B36,B37,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B51,B53,B54,B58,B63,B65,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B77,B80,B83,B87,B9,B91,B93,B94,B99,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C19,C23,C30,C35,C39,C4,C44,C47,C48,C5,C50,C53,C57,C58,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C69,C7,C70,C71,C74,C79,C80,C83,C87,D1,D3,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781160.1
250 aa
N
1
125
250
RHIP1
C
PF27724 RHIP1 27-189 aa
XP_057781161.1
250 aa
N
1
125
250
RHIP1
C
PF27724 RHIP1 27-189 aa
XP_057781162.1
250 aa
N
1
125
250
RHIP1
C
PF27724 RHIP1 27-189 aa
XP_057781163.1
224 aa
N
1
112
224
RHIP1
C
PF27724 RHIP1 27-212 aa
XP_057781164.1
224 aa
N
1
112
224
RHIP1
C
PF27724 RHIP1 27-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781160.1 Pfam PF27724 RHIP1 Family 27 189 1.9e-52 179.0 RGS1-HXK1-interacting protein 1
XP_057781161.1 Pfam PF27724 RHIP1 Family 27 189 1.9e-52 179.0 RGS1-HXK1-interacting protein 1
XP_057781162.1 Pfam PF27724 RHIP1 Family 27 189 1.9e-52 179.0 RGS1-HXK1-interacting protein 1
XP_057781163.1 Pfam PF27724 RHIP1 Family 27 212 1.7e-63 215.3 RGS1-HXK1-interacting protein 1
XP_057781164.1 Pfam PF27724 RHIP1 Family 27 212 1.7e-63 215.3 RGS1-HXK1-interacting protein 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925181.1
ATCCACCGCCGCGATCCCGATCCACAGCAACAACGCATCGTCTCATCAATTACTATTCTATTGATCAATCCAAGGAATAAGCAGGCGCCGACGCCATTGCTGAGCTGCTTACATTGGATTCGCCATTGCCTATTTGCCTTTAGCCTTGAAGAAGGGGGAGCAGAAAATATCGAATCGTCGTCGCTAGCAGTTACGAAAAAAGATGGGAGAAGAGGAAGATGCATCTCCGCCACCGCCGCCGCCGCAGGATTGGCGCACTT...
XM_057925179.1
CCGCGATCCCGATCCACAGCAACAACGCATCGTCTCATCAATTACTATTCTATTGATCAATCCAAGGAATAAGCAGGCGCCGACGCCATTGCTGAGCTGCTTACATTGGATTCGCCATTGCCTATTTGCCTTTAGCCTTGAAGAAGGGGGAGCAGAAAATATCGAATCGTCGTCGCTAGCAGTTACGAAAAAAGATGGGAGAAGAGGAAGATGCATCTCCGCCACCGCCGCCGCCGCAGGATTGGCGCACTTACATATCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130999602
ATGGGAGAAGAGGAAGATGCATCTCCGCCACCGCCGCCGCCGCAGGATTGGCGCACTTACATATCGGAAGACCTCCCTCGCACCGTCCAGGAGTCGGCCGACACCGCCATTCGCTCCGCGCGCACTCTCCAGCAATCTTCCTCCACTCATCTCCGCTCTTTCCAGGATTTTGTTCCCCAAATCGGAACTCGGTATAGATATTACGAAGAGGCTTTCTTCACCAAAGTTAAAGATGAGTTAGTGAACTTACGAGAACATCC...
LOC130999602
ATGGGAGAAGAGGAAGATGCATCTCCGCCACCGCCGCCGCCGCAGGATTGGCGCACTTACATATCGGAAGACCTCCCTCGCACCGTCCAGGAGTCGGCCGACACCGCCATTCGCTCCGCGCGCACTCTCCAGCAATCTTCCTCCACTCATCTCCGCTCTTTCCAGGATTTTGTTCCCCAAATCGGAACTCGGTATAGATATTACGAAGAGGCTTTCTTCACCAAAGTTAAAGATGAGTTAGTGAACTTACGAGAACATCC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057781160.1
MGEEEDASPPPPPPQDWRTYISEDLPRTVQESADTAIRSARTLQQSSSTHLRSFQDFVPQIGTRYRYYEEAFFTKVKDELVNLREHPALTAGVAVTSCLLLMRGPRRFLIRQTLGRLQSEEAQFVRAEKNLKELSLSVDLMKKESKKLLQRSVLAERDMIRGHYDLRDAGTQIQRFARSVNKAQTEAAGKASSSYWLSLLFIIPLYFYLEYASLETENKSCLSFPIFKFHICYDTLLQCVESKLKLTQKH
XP_057781161.1
MGEEEDASPPPPPPQDWRTYISEDLPRTVQESADTAIRSARTLQQSSSTHLRSFQDFVPQIGTRYRYYEEAFFTKVKDELVNLREHPALTAGVAVTSCLLLMRGPRRFLIRQTLGRLQSEEAQFVRAEKNLKELSLSVDLMKKESKKLLQRSVLAERDMIRGHYDLRDAGTQIQRFARSVNKAQTEAAGKASSSYWLSLLFIIPLYFYLEYASLETENKSCLSFPIFKFHICYDTLLQCVESKLKLTQKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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