Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004958`

染色体: Chr08 坐标: 58414593-58416628 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004958`
名称	SmilChr08G004958
描述	L-ascorbate oxidase homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58414593 - 58416628 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999611`
GeneID	`130999611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999611`
原始查询	`LOC130999611`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-ascorbate oxidase homolog
产物	L-ascorbate oxidase homolog
Arabidopsis	`AT1G55560` (sks14) SKU5 similar 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842005] identity=65.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0816700` - identity=63.3; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057781178.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781178.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781178.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781178.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781178.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58414980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,C12
`Chr8:58414984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr8:58415061`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B91,C60
`Chr8:58415061`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B91,C60
`Chr8:58415062`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B91,C60
`Chr8:58415062`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B91,C60
`Chr8:58415138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B100,B120,C48,C49
`Chr8:58415154`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B120
`Chr8:58415154`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B120
`Chr8:58415161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B69,C63,C75
`Chr8:58415173`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	109	A11,A13,A16,A2,A20,A21,A23,A4,A5,A7,B1,B100,B103,B105,B11,B111,B113,B115,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B127,B129,B131,B135,B136,B14,B140,B15,B21,B22,B23,B29,B33,B35,B37,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B51,B53,B55,B59,B60,B61,B62,B66,B67,B68,B69,B7,B72,B74,B76,B78,B79,B80,B82,B84,B86,B9,B91,B94,B96,B99,C11,C16,C20,C25,C26,C27,C29,C32,C33,C35,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C48,C49,C50,C54,C58,C6,C60,C61,C63,C67,C68,C71,C73,C74,C75,C8,C81,D11,D2
`Chr8:58415216`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B23,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781178.1

556 aa

278

556

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 35-148 aa PF00394 Cu-oxidase 161-302 aa PF07731 Cu-oxidase_2 409-525 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781178.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	35	148	2.7e-40	137.9	Multicopper oxidase
`XP_057781178.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	161	302	9.5e-43	146.7	Multicopper oxidase
`XP_057781178.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	409	525	3.4e-29	102.1	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925195.1
AAAAGGGCAAGAATGAGCGAGGAATGATGAGCATTCACCATCTAGGTTGGGAGAAATGGAGATGAAGAAAAAAGAGGAGCGAAAAAGGAGGAGAATGAGCGGATGATGGATGACACACCATTCATTTTGATAACAAACCTCCCTATAAATTCAATCTCACATTCATTCCCACAACACCATTCTTCTCTTGCCAGAAGAAGGCACTAGCTCGCCTTCTTCTTTTTACTTCTTCTTTAAAAAAAATAATAATAAAAAATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999611
ATGGGTTCCTTTATTAGGACACCCCTTGTTGTGGCTCTACCTCTCCTATGCCTCTTGACAATTGCCAATGCAGGGGATCCCTATCTCTTCTTCGAATGGCATGTGACCTATGGCACCATCTCCCCCTTGGGGGTCCCTCAGCAGGGCATTCTCATCAACGGTCAGTTCCCCGGCCCCGAGATCAACTGCACCTCCAACAACAACATCGTCGTCAATGTCTTCAACGAGATCGATGAGCCTCTCCTCCTCACTTGGGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781178.1
MGSFIRTPLVVALPLLCLLTIANAGDPYLFFEWHVTYGTISPLGVPQQGILINGQFPGPEINCTSNNNIVVNVFNEIDEPLLLTWAGVQQRKNSWQDGTPGTMCPILPGHNYTYQFQVKDQIGSYIYFPTTALHRASGGMGMIKVHSRPLIPVPFDTPAEEHAILLGDWYNKGHKTLKSILDSGRSIGKPDGIQINGQSSKVGDAVAKPLVTMEAGKTYRLRVCNVGMRLTVNFRIQGHAMKLVEMEGSHTVQNVYDSLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器