Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002520

染色体: Chr08 坐标: 24405111-24406115 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002520
名称SmilChr08G002520
描述uncharacterized SmilChr08G002520
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向24405111 - 24406115 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999617
GeneID130999617
locus_tag-
NCBI NameLOC130999617
原始查询LOC130999617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0028E10.1; symbol=P0028E10.1; hit=Os01g0166500; species=rice; confidence=low
产物P0028E10.1; symbol=P0028E10.1; hit=Os01g0166500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G01790 (AT5G01790)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831868]
identity=55.6; qcov=0.277; evalue=7.94e-09; confidence=weak
RiceOs01g0166500 (P0028E10.1)
-
identity=50; qcov=0.359; evalue=2.81e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999617

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781186.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057781186.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781186.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781186.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:24405540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B38
Chr8:24405744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C24
Chr8:24405882 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B106
Chr8:24405882 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925203.1
ATTCCAACAACATATTCATAGACTTCTTGAAACCAATAATTAGTCCGCAAAGTCTCCGGCCACTTCAATATATATTTTGCATTATTCGTGTTCCATTTAATGCCATAACTCTAGCCGCATTTCTCTCTAATTTCTTAAATTCCAATCCAATTGCAGATCCAAAATTCTCATAAAATATCCTCAAACAAAAAAAAAATGATGAATAGTGGCCAAGATGACAAGTTTTTCTCCATGCTTTCATCAAGGGACAAAAGGTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999617
ATGATGAATAGTGGCCAAGATGACAAGTTTTTCTCCATGCTTTCATCAAGGGACAAAAGGTACAACTCGTCCAAGCAGCTTTGCGGCGAGGCCTCCTTCAGGGCGTTGTACTACGGAGGCGCTGCCGGCACCGTGCCGTTCCTGTGGGAGTCTCAGCCGGGGACGCCTAAGCACAAGCTCAGCGACGGCCCTCTCCCGCCGCTCACTCCGCCGCCGCAGCACCAGTCGAGTCCTCTAGCTAGCCCTAGCATGAAGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781186.1
MMNSGQDDKFFSMLSSRDKRYNSSKQLCGEASFRALYYGGAAGTVPFLWESQPGTPKHKLSDGPLPPLTPPPQHQSSPLASPSMKKKHSKIFNSIFARTPSTKISAPTSLPSSPYSLSYSSPSTPLHSGGKESQKARLSWIGLEGEEEVRDYSATSTLCFRGSSSCRRSKSYYGYPIKSVKKVVKSITRRRHFSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器