Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000010`

染色体: Chr08 坐标: 100852-103740 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000010`
名称	SmilChr08G000010
描述	methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	100852 - 103740 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999630`
GeneID	`130999630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999630`
原始查询	`LOC130999630`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) 2-like
产物	methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) 2-like
Arabidopsis	`AT2G44160` (MTHFR2) methylenetetrahydrofolate reductase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819022] identity=74.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0815200` - identity=75.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004489 (methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0009086 (GO:0009086); GO:0035999 (tetrahydrofolate interconversion); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02219 (MTHFR); PF21895 (MTHFR_C); PF21897 (DUF6919)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781206.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781206.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781206.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781206.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781206.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:101046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr8:101248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B44,C17,C9,D8
`Chr8:101404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:101712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr8:101715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr8:101884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B32,C28,C77
`Chr8:101887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,D11
`Chr8:102234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr8:102244`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B21
`Chr8:102247`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B32,C28,C77
`Chr8:102396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr8:102426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B18,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781206.1

591 aa

296

591

MTHFR

MTHFR_C

DUF6919

PF02219 MTHFR 7-298 aa PF21895 MTHFR_C 307-580 aa PF21897 DUF6919 386-484 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781206.1`	Pfam	`PF02219`	MTHFR	Domain	7	298	6.1e-120	400.6	Methylenetetrahydrofolate reductase
`XP_057781206.1`	Pfam	`PF21895`	MTHFR_C	Domain	307	580	2.8e-92	310.0	MTHFR, SAM-binding regulatory domain
`XP_057781206.1`	Pfam	`PF21897`	DUF6919	Domain	386	484	1.2e-07	32.8	Domain of unknown function (DUF6919)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925223.1
AGCTAATAATATCGCGCATGCATGGGTGAAGTGTGAAAAATAGAGTAGCTAGCTAGGTCGAAATAGAAACGAAACACATTCATACATACGTAGAAGCTTGATCGATCCAAGCTTGGCTTGTGGATCAATTTGGTGATCACGATGAAGGTGATAGACAAGATCCGCAGTGAGAGCGGCGTGATGTTCTCGTTCGAGTTCTTCCCTCCGAAGACGGAGGACGGAGTGGACAACCTGTTCGATCGTATCGAGCGCATGGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999630
ATGAAGGTGATAGACAAGATCCGCAGTGAGAGCGGCGTGATGTTCTCGTTCGAGTTCTTCCCTCCGAAGACGGAGGACGGAGTGGACAACCTGTTCGATCGTATCGAGCGCATGGCGGCGCACGGCCCGGCCTTCTGCGACATCACGTGGGGCGCCGGCGGATCCACGGCGGATCTCTCCCTTGAGATCGCCAACCGCATGCAGAACATGGTGTGCGTGGAGACCATGATGCACCTCACCTGCACCAACATGCCCCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781206.1
MKVIDKIRSESGVMFSFEFFPPKTEDGVDNLFDRIERMAAHGPAFCDITWGAGGSTADLSLEIANRMQNMVCVETMMHLTCTNMPLHSIDHALSTIHSNGIQNVLALRGDPPHGQDKFVQVEGGFSCALHLVKHIRAKYGDYFGICVAGYPEGHPEVIQENGVVTAEAYQNELAYLKQKVDAGGEVIVTQLFYDTDIFLKFVSDCRQIGITCPIIPGIMPINSYKAFLRMTGFCKTKIPPEIMAALEPIKDNDEAVKAYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器