Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004122

染色体: Chr01 坐标: 59729024-59731585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004122
名称SmilChr01G004122
描述transcription factor MTB3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59729024 - 59731585 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999632
GeneID130999632
locus_tag-
NCBI NameLOC130999632
原始查询LOC130999632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MTB3
产物transcription factor MTB3
ArabidopsisAT4G16430 (AT4G16430)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827337]
identity=49.2; qcov=1.01; evalue=2.08e-162; confidence=high
RiceOs01g0705700 (OsICE1)
-
identity=38.3; qcov=0.994; evalue=1.09e-75; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH); PF14215 (bHLH-MYC_N); PF23177 (bHLH_IRO3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781211.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781211.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781211.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781211.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781211.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59730016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:59730052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C57
Chr1:59730128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:59730454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B131
Chr1:59730478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B40,C62
Chr1:59730652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:59730782 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 A23
Chr1:59730782 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 A23
Chr1:59730961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B131
Chr1:59730997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B40,C62
Chr1:59731255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:59731288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C61,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781211.1
491 aa
N
1
246
491
bHLH-MYC_N
HLH
bHLH_IRO3
C
PF14215 bHLH-MYC_N 49-228 aa PF00010 HLH 345-391 aa PF23177 bHLH_IRO3 348-400 aa
XP_057781218.1
491 aa
N
1
246
491
bHLH-MYC_N
HLH
bHLH_IRO3
C
PF14215 bHLH-MYC_N 49-228 aa PF00010 HLH 345-391 aa PF23177 bHLH_IRO3 348-400 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781211.1 Pfam PF14215 bHLH-MYC_N Family 49 228 5.5e-45 154.6 bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
XP_057781211.1 Pfam PF00010 HLH Domain 345 391 2e-12 47.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057781211.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 348 400 1.7e-08 35.4 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
XP_057781218.1 Pfam PF14215 bHLH-MYC_N Family 49 228 5.5e-45 154.6 bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
XP_057781218.1 Pfam PF00010 HLH Domain 345 391 2e-12 47.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057781218.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 348 400 1.7e-08 35.4 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925228.1
GATTGTATCCATAAATGGGTGAGACTGCTGGAGTCAGTTACTAGCAACAGTTATTGGGACAAGTGGGTCAATCAAGTGTTCGACGCCATTAGCGCGTGAACATAAATCTACAAAGAAACGGATAATTCAGCTTTATCTTTTATATATATGTCAATAATATTAGTACTTATTAAAGTGTGATTGAAGCACGGGGCTGCTCAGATCCAGTGCACCAGTTGGGAGTCGGGTGTCATATGAAACACGAGTGAAAAATGGCTGTA...
XM_057925235.1
GTATCCATAAATGGGTGAGACTGCTGGAGTCAGTTACTAGCAACAGTTATTGGGACAAGTGGGTCAATCAAGTGTTCGACGCCATTAGCGCGTGAACATAAATCTACAAAGAAACGGATAATTCAGCTTTATCTTTTATATATATGTCAATAATATTAGTACTTATTAAAGTGTGATTGAAGCACGGGGCTGCTCAGATCCAGTGCACCAGTTGGGAGTCGGGTGTCATATGAAACACGAGTGAAAAATGAATTGGGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999632
ATGGGGAGTAAGTTTTGGTTGAATGATGAGGATAAGGCTGTGGTGGAAAGGGTAGTGGGCAATGAAGCAGCTGAATATCTTGCTTGGTCGGCCTCGAACAACGTGCTGTTGGAATTTTCTCCATCCGGTGGGGATCTAGGGGTGCAGCAAGCACTGTTCAAGATTGTTGAGGGATCAGATTGGACGTATGCAATATATTGGCATGTTTCTAAATCTAAGTCGGGTAGATCCGCCTTGATATGGGGCGACGGCCATTGTAG...
LOC130999632
ATGGGGAGTAAGTTTTGGTTGAATGATGAGGATAAGGCTGTGGTGGAAAGGGTAGTGGGCAATGAAGCAGCTGAATATCTTGCTTGGTCGGCCTCGAACAACGTGCTGTTGGAATTTTCTCCATCCGGTGGGGATCTAGGGGTGCAGCAAGCACTGTTCAAGATTGTTGAGGGATCAGATTGGACGTATGCAATATATTGGCATGTTTCTAAATCTAAGTCGGGTAGATCCGCCTTGATATGGGGCGACGGCCATTGTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781211.1
MGSKFWLNDEDKAVVERVVGNEAAEYLAWSASNNVLLEFSPSGGDLGVQQALFKIVEGSDWTYAIYWHVSKSKSGRSALIWGDGHCREPKEGEGEDSNGPKNEKSVDGDGRRWVLHKIHACFGGSEDDNVAAKLDKVSDVEMFYLTSMYLAFPFDKPSIPSQSFNSGRSIWVSDAKSCSERYELRSYLAKLARLETVVFVPTKSGVVEIGSRKSIPEDRSVIQSAKSIVVKPSLAQAKAAPKIFGQELSVGGSRSGPISI...
XP_057781218.1
MGSKFWLNDEDKAVVERVVGNEAAEYLAWSASNNVLLEFSPSGGDLGVQQALFKIVEGSDWTYAIYWHVSKSKSGRSALIWGDGHCREPKEGEGEDSNGPKNEKSVDGDGRRWVLHKIHACFGGSEDDNVAAKLDKVSDVEMFYLTSMYLAFPFDKPSIPSQSFNSGRSIWVSDAKSCSERYELRSYLAKLARLETVVFVPTKSGVVEIGSRKSIPEDRSVIQSAKSIVVKPSLAQAKAAPKIFGQELSVGGSRSGPISI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器