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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000036

染色体: Chr08 坐标: 250768-252949 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000036
名称SmilChr08G000036
描述uncharacterized SmilChr08G000036
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向250768 - 252949 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999663
GeneID130999663
locus_tag-
NCBI NameLOC130999663
原始查询LOC130999663

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819006]; symbol=AT2G44010; hit=AT2G44010; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819006]; symbol=AT2G44010; hit=AT2G44010; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G44010 (AT2G44010)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819006]
identity=35.3; qcov=0.917; evalue=5.31e-11; confidence=low
RiceOs01g0888900
-
identity=29.8; qcov=0.855; evalue=1.72e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781248.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781248.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781248.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781248.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:250917 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B108,B43,D1
Chr8:250925 ATG * 2bp_deletion CDS_variant 4 A13,B46,B63,D8
Chr8:250945 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A3,B108,B114,B43,B57,B71,B98,C49,C58,D1
Chr8:250946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B128,B34,D10
Chr8:250955 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A22,B103,B111,B125,B35,C43,C52,C60
Chr8:250956 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B132,B17,C22,C80,D9
Chr8:250956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B17,C22,C80,D9
Chr8:250985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B79,C45,C78
Chr8:250987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B43,D1,D10
Chr8:250997 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B14,B57,C18,C49,C55,C64,C87,D8
Chr8:252372 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 24 A20,A25,B1,B33,B38,B42,B49,B50,B54,B60,B64,B78,C27,C35,C38,C42,C46,C53,C54,C56,C75,C8,C83,D9
Chr8:252496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B7,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925265.1
AAACCACCCTTAAAGTTTTTTCTACATATGTTGTATTTTTATGCAAGTCAAGCAAAAGATAACGTGTGGTGTGCCTCCAACTCTCATACACTAATATAAAAAGTATAGAAAAAAAATAGTAGCAAAAAAAAAAAAATCCAAATCAAACTCCCACCAAACCCATATAATTTGAACCAACAAAGTCTTCATATAATCTCACTTGCTCCAAAAAAAGGAATAAAAAAAAAGGTCAAGCAGAAGAAAATGGAAGGGTTGATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999663
ATGGAAGGGTTGATACCATTGGTGTACAAGTCATTGAAGAAGAGCCAGACTCGCCGGAAATACGAGTGCCTCTCTTCCGGCGAGGCAGCGCAGCCGTACAACATCGCCGACTTCTACGTGAAAGACGACGGCCGCGACCGCGATGAATATATGGGCAGGAGAGGGTACGCCACGCCCGGACCCGATGATACGCGGTCGGGCCGCCGTGGGGCCCACCACCGGCGCTGCAGCTCCGTGGTGATTGACGGCCGCCCCGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781248.1
MEGLIPLVYKSLKKSQTRRKYECLSSGEAAQPYNIADFYVKDDGRDRDEYMGRRGYATPGPDDTRSGRRGAHHRRCSSVVIDGRPGAGGFLALEGGGGAPPPKKQIVRFRSHRMLSCITDMQFPKSRNATQSIWKHLQTRTIIHP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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