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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000040

染色体: Chr08 坐标: 267915-270952 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000040
名称SmilChr08G000040
描述outer envelope pore protein 37, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向267915 - 270952 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999666
GeneID130999666
locus_tag-
NCBI NameLOC130999666
原始查询LOC130999666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 37, chloroplastic
产物outer envelope pore protein 37%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G43950 (OEP37)
chloroplast outer envelope protein 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819000]
identity=69; qcov=0.916; evalue=4.73e-146; confidence=high
RiceOs02g0608900
-
identity=54.4; qcov=0.963; evalue=9.61e-117; confidence=high
GOGO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0009707 (chloroplast outer membrane)
KEGG-
PfamPF28611 (OEP37)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781253.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057781253.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781253.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781253.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:268095 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C7
Chr8:268095 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C7
Chr8:268096 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr8:268096 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B76
Chr8:268142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:268148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr8:268171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B71,C62
Chr8:268177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B40,B53,B77
Chr8:268180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:268297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr8:268298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr8:268319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781253.1
321 aa
N
1
160
321
OEP37
C
PF28611 OEP37 32-321 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781253.1 Pfam PF28611 OEP37 Family 32 321 2.4e-153 510.0 Outer envelope pore protein 37

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925270.1
AATAATATTAAAAATGAAAAAGGAAAAAAGAGAAAGAAAGAAATAATTAATTTTTGGGCTTTAATAATTTCACCTCTAAATCCCCGCCTAAAAATTCCCAACCCCAAATATATTTATTCTGTCTTTGAATTTAAAATAATTTCCCCCAAAAAAAGTAAAAAGAAAAAATTAGATACAGCAATGGCGGAAGCAAAAGTCGACCCGGAGCCCATCGCCGCCCCCGCCTCGGCCGCCGCAGACGGCGGCGGCGTATTGCGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999666
ATGGCGGAAGCAAAAGTCGACCCGGAGCCCATCGCCGCCCCCGCCTCGGCCGCCGCAGACGGCGGCGGCGTATTGCGATTGGGCCGACCGAAGCTCCGCCTTACGTCGGAGTACGACAGCGACACCTCCATTTTCCTTCAGAAGGTGTCGTGCAAATTATTGGACAATTTAGCTAAATTGAAGCTGTCGTTCTACAACAACGGGAAAGGGGAGGTGTCTGAGCCCCAAATCTCGTTCATCTCGAAGTTCTTCTCGCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781253.1
MAEAKVDPEPIAAPASAAADGGGVLRLGRPKLRLTSEYDSDTSIFLQKVSCKLLDNLAKLKLSFYNNGKGEVSEPQISFISKFFSLQYDVEERDAVLKTSLAIAPGVQFRAAHQVKARQGEVSVVADLATPAYKLELASAVPSVGMPKATFRFPLGEVSLEEKEVEDEEEQKSALSVSGILKSNVLNGVCTARYEEENWDLRYVFKDEQLTFVPSISLPSNVFSCAFKRRFTPSDKLSYWYHFDSNNWSAVYKHTVGKDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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