Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000059`

染色体: Chr08 坐标: 347772-350009 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000059`
名称	SmilChr08G000059
描述	polygalacturonase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	347772 - 350009 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999681`
GeneID	`130999681`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999681`
原始查询	`LOC130999681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase-like
产物	polygalacturonase-like
Arabidopsis	`AT2G43870` (AT2G43870) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818991] identity=57.4; qcov=0.968; evalue=7.28e-165; confidence=high
Rice	`Os01g0623600` (OsPGL32) - identity=50; qcov=0.935; evalue=9.63e-134; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057781273.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057781273.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781273.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781273.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781273.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:347849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr8:347858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,A14,A23,C52
`Chr8:347873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,A23,B110,C40,C54
`Chr8:347978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr8:347982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B44
`Chr8:348092`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C13
`Chr8:348092`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C13
`Chr8:348097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B50,C56
`Chr8:348122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,C9,D8
`Chr8:348123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,D2
`Chr8:348129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B48,B66
`Chr8:348131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781273.1

400 aa

200

400

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 29-281 aa PF00295 Glyco_hydro_28 56-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781273.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	29	281	7.1e-10	39.8	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057781273.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	56	383	1.2e-84	284.9	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925290.1
ACACACACAAAACCACACACAAACACACACACAAAAACAAAAATGATTATCAACAAAAAAACACAAATTTCCATCACGATCACCGTCGCATTCTTCTTGATCGACTCATCTTCTGCAACTCTCAGCTATAATGTGAAGAGTTTCGGAGCAAAATCCAACGGAAAATCCGACTGCACAAAGGCTTTCCTCAGTGCGTGGGGCGCCGCCTGCGCCGCCGCGCAACCTGCCGAGATCCACGTGCCGGCGGGGCGGTATCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999681
ATGATTATCAACAAAAAAACACAAATTTCCATCACGATCACCGTCGCATTCTTCTTGATCGACTCATCTTCTGCAACTCTCAGCTATAATGTGAAGAGTTTCGGAGCAAAATCCAACGGAAAATCCGACTGCACAAAGGCTTTCCTCAGTGCGTGGGGCGCCGCCTGCGCCGCCGCGCAACCTGCCGAGATCCACGTGCCGGCGGGGCGGTATCGGCTGCGGAATGTAGTGTTTTCCGGCAAGTCGTGCAAGAACACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781273.1
MIINKKTQISITITVAFFLIDSSSATLSYNVKSFGAKSNGKSDCTKAFLSAWGAACAAAQPAEIHVPAGRYRLRNVVFSGKSCKNTAITISIDGTLVAPSNYSVIGNSGSWLKFERVTGVSIYGGTLDGRGAALWACKNSGHNCPKGATTLAFYNSNNISINALSSLNSQMFHILIYGCHNVNLMNVKISADGNSPNTDGIHIEQSSAVAILGSRIGTGDDCVSIGPGASDLLIENLFCGPGHGISIGSLGWNLQEAGVQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器