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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000070

染色体: Chr08 坐标: 400781-427517 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000070
名称SmilChr08G000070
描述putative disease resistance protein At1g50180
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向400781 - 427517 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999693
GeneID130999693
locus_tag-
NCBI NameLOC130999693
原始查询LOC130999693

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein At1g50180
产物putative disease resistance protein At1g50180
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=32.1; qcov=1.04; evalue=1.05e-130; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=26.9; qcov=1.05; evalue=2.94e-68; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781291.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781291.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781291.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781291.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781291.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:401099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C75
Chr8:401137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C86
Chr8:401178 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B110,B29,B51,B58,B87,C31,C35,D5
Chr8:401206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:401208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:401231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:401246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B57,C43
Chr8:401255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C24,C73
Chr8:401329 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B103
Chr8:401329 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B103
Chr8:401332 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B103
Chr8:401332 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781291.1
918 aa
N
1
459
918
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 162-334 aa PF23559 WHD_DRP 418-495 aa PF23598 LRR_14 555-887 aa
XP_057781292.1
918 aa
N
1
459
918
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 162-334 aa PF23559 WHD_DRP 418-495 aa PF23598 LRR_14 555-887 aa
XP_057781293.1
918 aa
N
1
459
918
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 162-334 aa PF23559 WHD_DRP 418-495 aa PF23598 LRR_14 555-887 aa
XP_057781294.1
918 aa
N
1
459
918
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 162-334 aa PF23559 WHD_DRP 418-495 aa PF23598 LRR_14 555-887 aa
XP_057781295.1
918 aa
N
1
459
918
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 162-334 aa PF23559 WHD_DRP 418-495 aa PF23598 LRR_14 555-887 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781291.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.5e-17 64.1 Rx N-terminal domain
XP_057781291.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 334 4.1e-36 124.9 NB-ARC domain
XP_057781291.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 495 1.1e-12 48.5 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781291.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 887 6.4e-26 91.6 Leucine-rich repeat region
XP_057781292.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.5e-17 64.1 Rx N-terminal domain
XP_057781292.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 334 4.1e-36 124.9 NB-ARC domain
XP_057781292.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 495 1.1e-12 48.5 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781292.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 887 6.4e-26 91.6 Leucine-rich repeat region
XP_057781293.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.5e-17 64.1 Rx N-terminal domain
XP_057781293.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 334 4.1e-36 124.9 NB-ARC domain
XP_057781293.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 495 1.1e-12 48.5 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781293.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 887 6.4e-26 91.6 Leucine-rich repeat region
XP_057781294.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.5e-17 64.1 Rx N-terminal domain
XP_057781294.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 334 4.1e-36 124.9 NB-ARC domain
XP_057781294.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 495 1.1e-12 48.5 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781294.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 887 6.4e-26 91.6 Leucine-rich repeat region
XP_057781295.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.5e-17 64.1 Rx N-terminal domain
XP_057781295.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 334 4.1e-36 124.9 NB-ARC domain
XP_057781295.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 495 1.1e-12 48.5 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781295.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 887 6.4e-26 91.6 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925310.1
AATGAGGGAGAATTATAAATCGAGTGAAGATGAAGACAAGGTAGAAATCAAAACAAGTGGAGTTAATTAAGATAATCATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACAACTTTCACAAGTTTCCCCTCTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCACAATCCAAATGCTTCGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACCAACGAGTTCCTTACCCTTATCCCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAATCA...
XM_057925311.1
AGATGAAGACAAGGTAGAAATCAAAACAAGTGGAGTTAATTAAGATAATCATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACAACTTTCACAAGTTTCCCCTCTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCACAATCCAAATGCTTCGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACCAACGAGTTCCTTACCCTTATCCCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAATCAGTTTGACCACAGAAATTCGAGTTCGGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130999693
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTCTACGGTGTGGGTGACCAAGTGAGGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATCAAGTGTCTCCTCGAAGATGCTGACAGAAGACGACATAAAAGCAAAACCATTTTGAGTTGGATCTCGGAGATCAAAGATCTTGTGTACGGAGCAGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTTGGCAAG...
LOC130999693
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTCTACGGTGTGGGTGACCAAGTGAGGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATCAAGTGTCTCCTCGAAGATGCTGACAGAAGACGACATAAAAGCAAAACCATTTTGAGTTGGATCTCGGAGATCAAAGATCTTGTGTACGGAGCAGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTTGGCAAG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057781291.1
MAEAVVSTALETLRDLLVEEARFFYGVGDQVRELEIQLKEIKCLLEDADRRRHKSKTILSWISEIKDLVYGAEAAIERHAAYQVLARRRRGIRQLIKSIHQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGECFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETRTSFDLCAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIRGDVTSLSEWELKERLC...
XP_057781292.1
MAEAVVSTALETLRDLLVEEARFFYGVGDQVRELEIQLKEIKCLLEDADRRRHKSKTILSWISEIKDLVYGAEAAIERHAAYQVLARRRRGIRQLIKSIHQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGECFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETRTSFDLCAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIRGDVTSLSEWELKERLC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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