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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000098

染色体: Chr08 坐标: 607166-610931 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000098
名称SmilChr08G000098
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向607166 - 610931 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999701
GeneID130999701
locus_tag-
NCBI NameLOC130999701
原始查询LOC130999701

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=33.6; qcov=1.02; evalue=2.01e-136; confidence=low
RiceOs10g0183000 (OsLSR)
-
identity=27; qcov=1.04; evalue=3.46e-69; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999701

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781302.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781302.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781302.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781302.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781302.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:607477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:607490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C53,D11
Chr8:607555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,C13,C77,D3
Chr8:607575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:607596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B54,B95,C14
Chr8:607608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A2,B112,C39,C80
Chr8:607609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr8:607618 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B49,B59,B69,C29,C39,C5,C51,C53,C74
Chr8:607644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B53,B93,C10
Chr8:607652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B6,C67
Chr8:607653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B53,B93,C10
Chr8:607675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C57,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781302.1
944 aa
N
1
472
944
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 172-345 aa PF23559 WHD_DRP 443-520 aa PF23598 LRR_14 577-896 aa
XP_057781303.1
929 aa
N
1
464
929
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF00931 NB-ARC 172-345 aa PF23559 WHD_DRP 428-505 aa PF23598 LRR_14 562-881 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781302.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 8.5e-17 61.8 Rx N-terminal domain
XP_057781302.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 172 345 7.9e-36 123.9 NB-ARC domain
XP_057781302.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 443 520 1.1e-11 45.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781302.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 577 896 3.3e-27 95.9 Leucine-rich repeat region
XP_057781303.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 8.4e-17 61.8 Rx N-terminal domain
XP_057781303.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 172 345 7.7e-36 124.0 NB-ARC domain
XP_057781303.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 505 1.1e-11 45.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781303.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 562 881 3.6e-27 95.8 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925319.1
ATGAAGAAGAAAACAAGGTAGAATCCAAAAACAAGTGGAGTTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCACCAACGAAAGTTAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCATATCCTTATTCCTCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAA...
XM_057925320.1
ATGAAGAAGAAAACAAGGTAGAATCCAAAAACAAGTGGAGTTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCACCAACGAAAGTTAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCATATCCTTATTCCTCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999701
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGACGAAGCAAGGTTTCTATATGGTGTGGGTGACGAAGTGAGGGAGCTGGTGAAGCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTCCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAGCGAAACCTTATTCAACTTGATCTCGGAGATCAGAGATCTTGTGTACGAAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTTGGCAAG...
LOC130999701
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGACGAAGCAAGGTTTCTATATGGTGTGGGTGACGAAGTGAGGGAGCTGGTGAAGCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTCCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAGCGAAACCTTATTCAACTTGATCTCGGAGATCAGAGATCTTGTGTACGAAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTTGGCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781302.1
MAEAVVSTALETLRDLLVDEARFLYGVGDEVRELVKQLKEMKCLLKDADRRRHESETLFNLISEIRDLVYEAEAAIERHAAYQVLARRRRGRGLRQLICRYSCILEEFNSLHQLGSQISKIKSDFGRVTEAMRAYGINKIIDSGESSAAGDNNRSRKTFPEFVIGECFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLCAWVCISQQCQSFQSVWKDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...
XP_057781303.1
MAEAVVSTALETLRDLLVDEARFLYGVGDEVRELVKQLKEMKCLLKDADRRRHESETLFNLISEIRDLVYEAEAAIERHAAYQVLARRRRGRGLRQLICRYSCILEEFNSLHQLGSQISKIKSDFGRVTEAMRAYGINKIIDSGESSAAGDNNRSRKTFPEFVIGECFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLCAWVCISQQCQSFQSVWKDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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