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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004132

染色体: Chr01 坐标: 59838726-59842156 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004132
名称SmilChr01G004132
描述probable inorganic phosphate transporter 1-7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59838726 - 59842156 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999702
GeneID130999702
locus_tag-
NCBI NameLOC130999702
原始查询LOC130999702

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inorganic phosphate transporter 1-7
产物probable inorganic phosphate transporter 1-7
ArabidopsisAT3G54700 (PHT1;7)
phosphate transporter 1;7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824635]
identity=81.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0186400 (PT4)
-
identity=74.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057781307.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057781307.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057781307.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781307.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781307.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59839509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:59839575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B137,B32
Chr1:59839658 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr1:59839658 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D6
Chr1:59839678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:59839756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B130,C23
Chr1:59839758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B81,C12,C77
Chr1:59839800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:59839842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B85
Chr1:59839938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr1:59840033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:59840074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781307.1
523 aa
N
1
262
523
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 27-514 aa PF07690 MFS_1 69-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781307.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 27 514 8.6e-53 180.5 Sugar (and other) transporter
XP_057781307.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 69 457 2.4e-22 80.1 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925324.1
GAATATACGACGAAGATCCCATATGGCAACGTTGGCCCCCTCATATAAAAAACACCATCCCCTACTTCACCTCCACATAACTCGACCACCATTCTCAAGATTTACTTTTATAACTGAACTTCTCTCTCTAATCAGAAATTGAAAGTGGGAAAATGGCGGGTGACAACAATCTAAAGGTGCTGAACGCACTAGACATGGCGAAGACGCAGTGGTACCATTTCACGGCGATCATAATCGCGGGGATGGGTTTCTTCACGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999702
ATGGCGGGTGACAACAATCTAAAGGTGCTGAACGCACTAGACATGGCGAAGACGCAGTGGTACCATTTCACGGCGATCATAATCGCGGGGATGGGTTTCTTCACGGACGCCTACGACCTCTTCTGCATCTCCCTCGTCACCAAGATGCTCGGCCGCATCTACTACCACGTGGAGGGCTCCCCGAAACCCGGGTCCCTCCCACCCAACGTCTCTGCGGCTGTCAATGGTGTAGCCCTCTGCGGCACCCTAGCAGGCCAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781307.1
MAGDNNLKVLNALDMAKTQWYHFTAIIIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKMLGRIYYHVEGSPKPGSLPPNVSAAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKKVYGLTLMVMCICSIASGLSFGRDAKAVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFAMTLSAIFDATFKSPPYEVDPSASTIPQADYLWRIVLMVGALPALLTFYWRLKMPETARYTALVAKDAKRAAADMAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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