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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000090

染色体: Chr08 坐标: 526487-570275 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000090
名称SmilChr08G000090
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向526487 - 570275 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999707
GeneID130999707
locus_tag-
NCBI NameLOC130999707
原始查询LOC130999707

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=32.4; qcov=1.02; evalue=2.24e-130; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=26.6; qcov=1.04; evalue=1.32e-71; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781312.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781312.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781312.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781312.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781312.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:526755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:526773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B5,C27
Chr8:526775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B64,C21
Chr8:526799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:526810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B140,B62,C38
Chr8:526836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C76
Chr8:526858 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B11,B31,C67
Chr8:526858 T TG 1bp_insertion CDS_variant 3 B11,B31,C67
Chr8:526875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C13,C38
Chr8:526890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B16,C28,C32
Chr8:526909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C21,C75,D1
Chr8:526910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C21,C29,C75,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781312.1
924 aa
N
1
462
924
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-89 aa PF00931 NB-ARC 174-345 aa PF23559 WHD_DRP 428-502 aa PF23598 LRR_14 559-892 aa
XP_057781313.1
924 aa
N
1
462
924
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-89 aa PF00931 NB-ARC 174-345 aa PF23559 WHD_DRP 428-502 aa PF23598 LRR_14 559-892 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781312.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 89 1.1e-19 71.0 Rx N-terminal domain
XP_057781312.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 174 345 1.2e-34 120.0 NB-ARC domain
XP_057781312.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 502 1.4e-12 48.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781312.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 559 892 3.2e-26 92.6 Leucine-rich repeat region
XP_057781313.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 89 1.1e-19 71.0 Rx N-terminal domain
XP_057781313.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 174 345 1.2e-34 120.0 NB-ARC domain
XP_057781313.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 502 1.4e-12 48.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781313.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 559 892 3.2e-26 92.6 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925330.1
ATTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCACCAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTCTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAGAAAATCCAAATTCTTCGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCATATCCTTATTCCTCTCTATATACTCACACCAATACTAAATCAGTTTGACCAAAGAAATTCGAGTTTGGAATTGTTGCGA...
XM_057925329.1
ATTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCACCAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTCTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAGAAAATCCAAATTCTTCGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCATATCCTTATTCCTCTCTATATACTCACACCAATACTAAATCAGTTTGACCAAAGAAATTCGAGTTTGGAATTGTTGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999707
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGATGAAGTGAAGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTGCTTAAAGATGCCGATAGAAGACGACATGAAAGCGAAACTATTTTGAATTGGATCTCAGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTCATCAAGTGACTTCAAG...
LOC130999707
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGATGAAGTGAAGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTGCTTAAAGATGCCGATAGAAGACGACATGAAAGCGAAACTATTTTGAATTGGATCTCAGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTCATCAAGTGACTTCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781312.1
MAEAVVSTALETLRDLLVEEARFLYGVGDEVKELEIQLKEMKCLLKDADRRRHESETILNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAHQVTSRRRRGLRQLVRKCSCSLEEYKSIHQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGDCFVGMKGELKQLLHLLVEDEKHRIISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...
XP_057781313.1
MAEAVVSTALETLRDLLVEEARFLYGVGDEVKELEIQLKEMKCLLKDADRRRHESETILNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAHQVTSRRRRGLRQLVRKCSCSLEEYKSIHQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGDCFVGMKGELKQLLHLLVEDEKHRIISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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