Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000089`

染色体: Chr08 坐标: 518996-576499 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000089`
名称	SmilChr08G000089
描述	6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	518996 - 576499 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999714`
GeneID	`130999714`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999714`
原始查询	`LOC130999714`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
产物	6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like
Arabidopsis	`AT4G31500` (CYP83B1) cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277] identity=40.7; qcov=1.11; evalue=1.33e-87; confidence=medium
Rice	`Os01g0377000` - identity=42.8; qcov=0.891; evalue=1.05e-77; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999714

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057781319.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057781319.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781319.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781319.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781319.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:575018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:575065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr8:575098`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B108,C38
`Chr8:575098`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B108,C38
`Chr8:575142`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,C1,C25,C54
`Chr8:575168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B62,B76,C57
`Chr8:575172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B58,C31
`Chr8:575179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B79
`Chr8:575183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr8:575762`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr8:575765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C13,C77
`Chr8:575779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781319.1

294 aa

147

294

p450

PF00067 p450 28-286 aa

XP_057781320.1

294 aa

147

294

p450

PF00067 p450 28-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781319.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	28	286	1.3e-73	249.1	Cytochrome P450
`XP_057781320.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	28	286	1.3e-73	249.1	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925337.1
GATGCTTCCAGATGGTTTGAGTGGCATTTGTACTCTTCGGAAACTGAAGATTTCTAAAATGCCGGAAATGGGGAAGAGGGTATCGGCATCAGGAGAGGATTTCCACAAAGTCAGCCATGTCCCTTCAATTATCATCAAAAACTATTGATGATGACTAACTAATCTAGTCTCCACCCGGATGGATTGAGCGGCATGTCTACTCTTCGGAAACTGAAAATCTATGGAATGGCGGAATTGGGAAAGAGGGTATCAGCATCGGG...

XM_057925336.1
CCCCTTCTCTCTGAATTGAAGATCTATGATTGTTCCGGTCTGAAGATGCTTCCAGATGGATTGAGTGGCATTTCTACTCTTCGGGAACTGCATATCTATGGAATGCCAGAAATGGGGAAGAGGGTATCGGCATCAGGAGAGGATTTCCACAAAGTCAGCCATGTCCCTTCAGTTATCATCCAAGACGATGACTAGTCTCTACCCGGGGTACTTTCCTCCCCCCTTCGAGCTACAGTCTTGTTTCGTTTCTCTTTAATTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130999714
ATGGCGCTCAGCAGCGCTCTCATATGCAGGGTTGCATTCGGGAAGAGATACGACGAGCTTGGCTCGGAGATGAGGAGATTCGACAGGCTCTCTCGCGAGGCGCAAGAGCTCATGGCAACTTTCTACGAGGAGCTCATCGAGGAGCACCAGAATCGTCTGGAGAGGGCGGCGGGGGAGGATGAAGATGTTCTTGGTGTTTTGATCAAGCTTAAAGAGGAGAATTCTTCTTCTGTTGAACTTGGATGGGATCAGATCAAAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781319.1
MALSSALICRVAFGKRYDELGSEMRRFDRLSREAQELMATFYEELIEEHQNRLERAAGEDEDVLGVLIKLKEENSSSVELGWDQIKALLMNIFIAATDTTTVSIVWTMTALMKAPTVMKKVQAEIRNLIGEKGKLDEGDLPNLPYLKAVIKETLRLYPPAPLLVPRQTIEKCTLVGYEIQPNTVVFVNAWAVARDPKYWENPDEFMPEKFLNSNIHDITGQDFGAIPFGSGRRICPGMSMGLANVELTVASLLYNFDWEM...

XP_057781320.1
MALSSALICRVAFGKRYDELGSEMRRFDRLSREAQELMATFYEELIEEHQNRLERAAGEDEDVLGVLIKLKEENSSSVELGWDQIKALLMNIFIAATDTTTVSIVWTMTALMKAPTVMKKVQAEIRNLIGEKGKLDEGDLPNLPYLKAVIKETLRLYPPAPLLVPRQTIEKCTLVGYEIQPNTVVFVNAWAVARDPKYWENPDEFMPEKFLNSNIHDITGQDFGAIPFGSGRRICPGMSMGLANVELTVASLLYNFDWEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器