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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000121

染色体: Chr08 坐标: 763270-766421 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000121
名称SmilChr08G000121
描述uncharacterized SmilChr08G000121
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向763270 - 766421 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999747
GeneID130999747
locus_tag-
NCBI NameLOC130999747
原始查询LOC130999747

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述stress response protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825149]; symbol=AT3G59800; hit=AT3G59800; species=arabidopsis; confidence=high
产物stress response protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825149]; symbol=AT3G59800; hit=AT3G59800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G59800 (AT3G59800)
stress response protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825149]
identity=62.4; qcov=1; evalue=3.47e-55; confidence=high
RiceOs04g0496600
-
identity=80.8; qcov=0.132; evalue=5.06e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781348.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057781348.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781348.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781348.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:763575 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B66
Chr8:763575 G GCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B66
Chr8:765284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,D4
Chr8:765401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr8:765534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:766020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,D4
Chr8:766048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C58,C80
Chr8:766076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr8:766077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr8:766110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B3,B76
Chr8:766114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B98,C58,C80
Chr8:766118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B13,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925365.1
GTAATAAATTTCAGATAATAATGATAGTAAATCAGCCCCCAAATTCCAACCCTTGTTCTACCTCACAAAGCCCGCACAAACAACAAAACCACCATTTTCATCCTCAATAATTCTCCATAAATTCATGGAATAAATTTAATTTTCGGATTCTTTGTTTTTTTTTTTCATGATTCTCATCTCCAAATTCTTCTCGGGAATTATATGATAAAATTGTATAATTTACTATAACAAAAAATGGGGAAAAATCAAGCGTACAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999747
ATGGGGAAAAATCAAGCGTACAAAGCGATGCAAAGATCTCGGCTTGGCTCGAGCTCCGCCGCGCCGGATGAGGTTGAAGATGGCATGGTGGATGGTTCATTTCATTCACCAGAATGGCATGCTGCTCGTTTGGCAAGTCTCAAAACTTCTCATACAATTACATGGGAGGAGTACAAGAAGAAGCAAAAGGAGGAAGAAATGAGAAGGGGGGTGTTGGAAGCGGATAAAGACAAGATGATGAGAGAGTATAGGGCTCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781348.1
MGKNQAYKAMQRSRLGSSSAAPDEVEDGMVDGSFHSPEWHAARLASLKTSHTITWEEYKKKQKEEEMRRGVLEADKDKMMREYRAQLDAERSRKLAQGKNHSSSKSKRKRDKKDKDSKKHSSKKRKRSKRSSDSSSSSSSESSSSDDEERESKRSKSRSRRSKKEKKRRSRSKHLSSENEDADGPLPLSRFFGSVKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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