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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000138

染色体: Chr08 坐标: 868226-870168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000138
名称SmilChr08G000138
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向868226 - 870168 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999771
GeneID130999771
locus_tag-
NCBI NameLOC130999771
原始查询LOC130999771

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=31.5; qcov=0.977; evalue=3.47e-91; confidence=low
RiceOs10g0495200 (Rf4)
-
identity=30.4; qcov=0.856; evalue=1.11e-70; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057781393.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057781393.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781393.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781393.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781393.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:868325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr8:868452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B56,C31,C40,C71,C86
Chr8:868466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr8:868469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr8:868471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr8:868649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr8:868814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:868870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:868896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B92,C28,C43
Chr8:868959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C14
Chr8:869135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C74,C84
Chr8:869182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B79,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781393.1
526 aa
N
1
263
526
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 54-70 aa PF13041 PPR_2 187-229 aa PF01535 PPR 188-212 aa PF23276 TPR_24 198-252 aa PF13812 PPR_3 209-260 aa PF12854 PPR_1 212-244 aa PF13041 PPR_2 216-263 aa PF01535 PPR 219-246 aa PF12854 PPR_1 248-279 aa PF13812 PPR_3 248-297 aa PF01535 PPR 253-283 aa PF12854 PPR_1 281-310 aa PF13041 PPR_2 285-333 aa PF01535 PPR 288-318 aa PF13812 PPR_3 310-365 aa PF13041 PPR_2 321-369 aa PF01535 PPR 324-350 aa PF12854 PPR_1 353-383 aa PF13041 PPR_2 355-404 aa PF01535 PPR 359-388 aa PF13812 PPR_3 378-435 aa PF12854 PPR_1 386-417 aa PF13041 PPR_2 390-438 aa PF01535 PPR 393-423 aa PF23276 TPR_24 404-493 aa PF13812 PPR_3 414-470 aa PF12854 PPR_1 421-454 aa PF13041 PPR_2 425-472 aa PF01535 PPR 429-458 aa PF13812 PPR_3 448-492 aa PF12854 PPR_1 456-489 aa PF13041 PPR_2 460-499 aa PF01535 PPR 463-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 54 70 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 187 229 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 212 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 198 252 2.9e-30 105.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 260 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 212 244 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 263 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 246 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 248 279 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 248 297 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 283 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 281 310 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 285 333 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 318 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 310 365 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 321 369 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 324 350 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 353 383 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 355 404 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 388 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 378 435 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 386 417 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 390 438 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 423 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 404 493 2.9e-30 105.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 414 470 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 421 454 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 425 472 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 458 7e-79 255.5 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 448 492 4.7e-54 181.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781393.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 456 489 1.5e-106 348.4 PPR repeat
XP_057781393.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 460 499 8.1e-121 394.8 PPR repeat family
XP_057781393.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 463 493 7e-79 255.5 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925410.1
TCAAATCTAATCTCACAGTTGCCGCCCAACACTCTCCCTTTCTTCACATTAAAATCTCGCCGCCGATTAAGGATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCAATCTGATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATAGATGGTCGCATAATTCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAAAACTTGACGATGCTATTGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999771
ATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCAATCTGATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATAGATGGTCGCATAATTCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAAAACTTGACGATGCTATTGAATTGTTTCAAAAAATGAAGAGTATGCGGCTGGAGGCTCCTGTTTTCGTGTATAGTAAACTTATGAGTGTTAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781393.1
MMSRRAAVSAINLIHGRGFLNRWSHNSGILSPVFSLFSSKAFQPKQPRIDFSCVKKLDDAIELFQKMKSMRLEAPVFVYSKLMSVSVKIEQYYFALHVFDEMLRMSVPVDVYTMNIAVNCCCILKDINSSVAIMGFFFKNGYEPNVVTIGTLIKGFFMDDKEAEAVKLFEKVLDLNLCEPNGVMILHIIDGLCKVGQVMAAHEWLLRLESSGSRVDVWSYSALIDGFCKVGKMEEAVNVLENMRKQKISPDVVTYSSLID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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