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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000179

染色体: Chr08 坐标: 1226894-1229018 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000179
名称SmilChr08G000179
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1226894 - 1229018 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999787
GeneID130999787
locus_tag-
NCBI NameLOC130999787
原始查询LOC130999787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
ArabidopsisAT3G22470 (AT3G22470)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821818]
identity=33.6; qcov=0.922; evalue=5.03e-109; confidence=low
RiceOs06g0152500
-
identity=33.2; qcov=0.899; evalue=1.56e-91; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057781409.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057781409.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781409.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781409.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1227037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B32,C17
Chr8:1227044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C76
Chr8:1227057 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B111,B112,B133,B21,B46,C46,D7
Chr8:1227059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B123,B70,C26,D2
Chr8:1227086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C5,C51
Chr8:1227104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B69,B79,B88,B99,C21
Chr8:1227125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B76,C38,C44,C77,D2
Chr8:1227138 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 11 B112,B118,B120,B136,B2,B61,B64,B74,B75,B81,C65
Chr8:1227149 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 9 A8,B107,B115,B27,B67,C26,C36,C72,D6
Chr8:1227151 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 6 A8,B115,C26,C36,C72,D6
Chr8:1227155 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A8,B115,B27,C26,C36,C72,D6
Chr8:1227173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781409.1
603 aa
N
1
302
603
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 54-86 aa PF13041 PPR_2 74-122 aa PF01535 PPR 78-107 aa PF01535 PPR 158-182 aa PF13041 PPR_2 158-199 aa PF13812 PPR_3 176-234 aa PF12854 PPR_1 183-213 aa PF13041 PPR_2 185-234 aa PF01535 PPR 189-215 aa PF17177 PPR_long 208-307 aa PF13812 PPR_3 209-269 aa PF12854 PPR_1 218-248 aa PF13041 PPR_2 220-269 aa PF01535 PPR 223-252 aa PF13812 PPR_3 244-300 aa PF12854 PPR_1 252-283 aa PF13041 PPR_2 255-304 aa PF01535 PPR 258-288 aa PF23276 TPR_24 259-353 aa PF13812 PPR_3 279-337 aa PF12854 PPR_1 287-319 aa PF01535 PPR 293-323 aa PF13041 PPR_2 298-338 aa PF13812 PPR_3 314-372 aa PF12854 PPR_1 321-353 aa PF13041 PPR_2 325-374 aa PF01535 PPR 328-357 aa PF13812 PPR_3 349-404 aa PF12854 PPR_1 357-388 aa PF13041 PPR_2 361-408 aa PF01535 PPR 363-389 aa PF13041 PPR_2 396-444 aa PF01535 PPR 398-424 aa PF17177 PPR_long 413-531 aa PF13812 PPR_3 418-475 aa PF23276 TPR_24 421-510 aa PF12854 PPR_1 428-459 aa PF01535 PPR 433-463 aa PF13041 PPR_2 439-479 aa PF12854 PPR_1 461-491 aa PF13041 PPR_2 465-512 aa PF01535 PPR 468-498 aa PF13812 PPR_3 489-543 aa PF12854 PPR_1 496-529 aa PF13041 PPR_2 500-544 aa PF01535 PPR 503-533 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 54 86 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 74 122 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 78 107 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 158 182 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 158 199 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 176 234 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 183 213 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 185 234 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 215 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 208 307 3.4e-29 102.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 269 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 218 248 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 220 269 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 223 252 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 244 300 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 252 283 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 255 304 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 258 288 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 259 353 2.4e-36 125.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 279 337 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 287 319 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 323 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 298 338 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 314 372 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 321 353 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 325 374 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 328 357 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 349 404 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 357 388 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 361 408 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 389 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 396 444 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 424 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 413 531 3.4e-29 102.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 418 475 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 421 510 2.4e-36 125.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 428 459 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 433 463 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 439 479 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 461 491 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 465 512 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 468 498 9.5e-85 273.9 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 489 543 1.3e-73 243.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781409.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 496 529 1e-117 384.2 PPR repeat
XP_057781409.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 500 544 1.5e-157 512.4 PPR repeat family
XP_057781409.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 533 9.5e-85 273.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925426.1
GCAGTGAATCACTACAAAAAAATCAGCATAAAATTTGCAGTAAAATCGCAATCATCCCTTTCTTCAGATCCAATCTCACCATCGATTAAGGATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCGATCTCATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATGGATGCTCGCAGAAATCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAATTGTGTTAAAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999787
ATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCGATCTCATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATGGATGCTCGCAGAAATCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAATTGTGTTAAAAAGCTTGACGATGCTATTGAATTGTTTCGAAAAATGAAGAGTATGCGGCGGGAGCCTTCTGTTCGAATGTACAACAATCTTTTGAGTGTTACTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781409.1
MMSRRAAVSAIDLIHGRGFLNGCSQKSGILSPVFSLFSSKAFQPKQPRIDFNCVKKLDDAIELFRKMKSMRREPSVRMYNNLLSVTAKIEQYSFALYMFGEMLRMGVQVNDYTMNISVNCCCLLKDIYSGFSITGFFFKIGYEPDAATIAALINGFFLVDGLCKAGLVIAAHDWLHRLESSGWSPNVKAYNALIDGFCKEGRMKEAGNLLESMAQQKVSPDVVTFSTLIDAYCKEGKMEAAERMLEIMTQENVYPNVVTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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