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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000190

染色体: Chr08 坐标: 1277238-1279650 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000190
名称SmilChr08G000190
描述glutathione transferase GST 23-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1277238 - 1279650 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999797
GeneID130999797
locus_tag-
NCBI NameLOC130999797
原始查询LOC130999797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione transferase GST 23-like
产物glutathione transferase GST 23-like
ArabidopsisAT2G29420 (GSTU7)
glutathione S-transferase tau 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817491]
identity=42.2; qcov=0.934; evalue=7.77e-57; confidence=medium
RiceOs09g0467200 (OsGSTU17)
-
identity=43.2; qcov=0.982; evalue=7.64e-62; confidence=medium
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781425.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057781425.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781425.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781425.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1277457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B63
Chr8:1277591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B117,C26,C9
Chr8:1277595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr8:1277619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A23,B41,C87
Chr8:1277648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B34
Chr8:1277684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B46
Chr8:1277688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:1277690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr8:1277727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:1277731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B50
Chr8:1277748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B135,B34,C21,C72
Chr8:1279212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781425.1
226 aa
N
1
113
226
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF02798 GST_N 8-79 aa PF13417 GST_N_3 10-82 aa PF13409 GST_N_2 16-80 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781425.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 8 79 2.2e-17 63.9 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057781425.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 10 82 4.9e-16 59.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057781425.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 16 80 7.4e-17 62.4 Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925442.1
TATATTTTTATTTATGTGGTTGAAATCAACCTTTACATGAGCAACGTGGCCAATTTGATATTTGCCTCTTTTTAATTGTCAAATTAATCACAAGTTGAACATATAGGAACTAAGGTCTACATCTACCACATTTAAAATCTATAAATACTATTGAAAGCAGCTCACCACCACATATAAAATATCATCACTTACCCCATAAAAATGGAGAAAGGCAATAAGGGAGTGAAGCTGGTTGGTTTTTGGGTTAGCCCATTTGTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999797
ATGGAGAAAGGCAATAAGGGAGTGAAGCTGGTTGGTTTTTGGGTTAGCCCATTTGTGCAGAGGGTGAAATGGGGCATGAAGCTGAAGGGCATCGAGTATGAATACATTGAAGAAGATATATTCAACAAAAGCCCTCTTCTCTCTCAACTCAACCCTCTCACCGGAAAAGTTCCCGTTCTCGTCCACGACGGAAATCCGCTGCCGGAATCCGCCATCATCCTCGAGTACTTGGACGAGAGGTGGCCCCACGCCCCGTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781425.1
MEKGNKGVKLVGFWVSPFVQRVKWGMKLKGIEYEYIEEDIFNKSPLLSQLNPLTGKVPVLVHDGNPLPESAIILEYLDERWPHAPLLPLDPYERAQARFWARFVEEKILESTWLALCSEGEIQERAVKIAIEHLEMMEEKLGGKNRFFFGDDTIGHVDLMMGFVAYMLPVWEEIMAIKIFDATRFQNLAAWKNNFLNHPVIKGDFPSKDEMFTYFQWRRKVYLKRI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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