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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004143

染色体: Chr01 坐标: 59931320-59935459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004143
名称SmilChr01G004143
描述mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59931320 - 59935459 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999810
GeneID130999810
locus_tag-
NCBI NameLOC130999810
原始查询LOC130999810

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
产物mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
ArabidopsisAT1G06200 (AT1G06200)
Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837129]
identity=52.7; qcov=1; evalue=1.33e-81; confidence=high
RiceOs04g0102600
-
identity=54.7; qcov=1; evalue=6.64e-75; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006465 (GO:0006465)
KEGG-
PfamPF10502 (Peptidase_S26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057781447.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057781447.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057781447.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781447.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59931502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:59932724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:59933157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,B76
Chr1:59933165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781447.1
203 aa
N
1
102
203
Peptidase_S26
C
PF10502 Peptidase_S26 120-163 aa
XP_057781457.1
203 aa
N
1
102
203
Peptidase_S26
C
PF10502 Peptidase_S26 120-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781447.1 Pfam PF10502 Peptidase_S26 Domain 120 163 8.4e-10 39.6 Signal peptidase, peptidase S26
XP_057781457.1 Pfam PF10502 Peptidase_S26 Domain 120 163 8.4e-10 39.6 Signal peptidase, peptidase S26

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925474.1
AACAACACAATTCCACGTAAATACCAATAAAACCACAAAATTCCCAAAAAAAAGAAAAAATGAAAAAAGTTGGGAGGGTTTAAGGGCTGAGGGCTGGAATCTGAGTTCTCTTCACATAATTGAACTGCAATTGCAATGGCGTCGTCGCTCTCAACTTGGTTGCGCTACGTCACCACCAAAGTCGTGTACTCCTTCTCTCTCTATCAGAAGACCCATGGACGTGTGGATGCTAAATGCTTTGATACCATAGTGAAAACTAT...
XM_057925464.1
AACAACACAATTCCACGTAAATACCAATAAAACCACAAAATTCCCAAAAAAAAGAAAAAATGAAAAAAGTTGGGAGGGTTTAAGGGCTGAGGGCTGGAATCTGAGTTCTCTTCACATAATTGAACTGCAATTGCAATGGCGTCGTCGCTCTCAACTTGGTTGCGCTACGTCACCACCAAAGTCGTGTACTCCTTCTCTCTCTATCAGAAGACCCATGGACGTGTGGATGCTAAATGCTTTGATACCATAGTGAAAACTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999810
ATGGCGTCGTCGCTCTCAACTTGGTTGCGCTACGTCACCACCAAAGTCGTGTACTCCTTCTCTCTCTATCAGAAGACCCATGGACGTGTGGATGCTAAATGCTTTGATACCATAGTGAAAACTATTCTTGTAGGGAAGGTGACTTTTTTGCATCAGAATAAAGCGGAAGAGGTGGCTCCAACAATCGGGACTGAAGCTGGAACTTTTCTTGTTCGGAGAATTCCGTATGCAGATCCCACCAATGTTTTTGTTGGAGACTT...
LOC130999810
ATGGCGTCGTCGCTCTCAACTTGGTTGCGCTACGTCACCACCAAAGTCGTGTACTCCTTCTCTCTCTATCAGAAGACCCATGGACGTGTGGATGCTAAATGCTTTGATACCATAGTGAAAACTATTCTTGTAGGGAAGGTGACTTTTTTGCATCAGAATAAAGCGGAAGAGGTGGCTCCAACAATCGGGACTGAAGCTGGAACTTTTCTTGTTCGGAGAATTCCGTATGCAGATCCCACCAATGTTTTTGTTGGAGACTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781447.1
MASSLSTWLRYVTTKVVYSFSLYQKTHGRVDAKCFDTIVKTILVGKVTFLHQNKAEEVAPTIGTEAGTFLVRRIPYADPTNVFVGDLVVLKDPMNSDKYLVRRLAAIEGHEMASTDKKDEPFVLEDNECWVLADNEDSKPKDSYDSRSFGPVTLSDIVGRAIYCLKNDVDHGPVNNSDLSAIVDSPVLAVELDVDELKKNNRQ
XP_057781457.1
MASSLSTWLRYVTTKVVYSFSLYQKTHGRVDAKCFDTIVKTILVGKVTFLHQNKAEEVAPTIGTEAGTFLVRRIPYADPTNVFVGDLVVLKDPMNSDKYLVRRLAAIEGHEMASTDKKDEPFVLEDNECWVLADNEDSKPKDSYDSRSFGPVTLSDIVGRAIYCLKNDVDHGPVNNSDLSAIVDSPVLAVELDVDELKKNNRQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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