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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004145`

染色体: Chr01 坐标: 59965767-59967079 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004145`
名称	SmilChr01G004145
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 4-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59965767 - 59967079 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999821`
GeneID	`130999821`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999821`
原始查询	`LOC130999821`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 4-like
产物	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 4-like
Arabidopsis	`AT2G31160` (LSH3) LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS-like protein (DUF640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817672] identity=77.5; qcov=0.983; evalue=1.28e-84; confidence=high
Rice	`Os02g0811000` (G1L6) - identity=87.3; qcov=0.761; evalue=5.03e-80; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0009299 (mRNA transcription); GO:0009416 (response to light stimulus)
KEGG	-
Pfam	PF04852 (ALOG_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781468.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057781468.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781468.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781468.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781468.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59966271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C15
`Chr1:59966297`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B122,B7
`Chr1:59966334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr1:59966400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B21,B72
`Chr1:59966544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:59966618`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B130
`Chr1:59966618`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781468.1

176 aa

176

ALOG_dom

PF04852 ALOG_dom 22-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781468.1`	Pfam	`PF04852`	ALOG_dom	Domain	22	144	1.3e-66	223.2	ALOG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925485.1
GCCCATAAATATATATCGACAAAACCTACACCAAGCATTGCAGCCTTCCAAGAATTCATTTGCTACACTATTACTTAACCAAATACACCATGTAACCAAGGATTTCATCTCTCTCCCTCTCTCTCATCATCGTCAACAAACACATCTTCTCTCACTAAAATAGCAATTTCCTGATATGTCAGTCAAAAAACTCCCCTGTCGCCTTTCCTCTTTGGCTTTTTTAAGTATTATCTCTACTTCCACTTTCACCGCATCCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999821
ATGGATGTGGAGTGCCCCAACTCGGGCAGCAGCAGCAGTAACAACAACAACAACAACAACAGCTCCTCCGCGGCGGCGGCGACGCTGAGCCGGTACGAGAACCAGAAGCGGCGCGACTGGAACACGTTCGGGCAGTACCTGAAGAACCACCGGCCGCCGCTGTCGCTGAGCCGGTGCAGCGGAGCCCACGTGCTGGAGTTCCTCCGGTACCTGGACCAGTTCGGGAAGACGAAGGTGCACAACCCCATCTGCCCCTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781468.1
MDVECPNSGSSSSNNNNNNNSSSAAAATLSRYENQKRRDWNTFGQYLKNHRPPLSLSRCSGAHVLEFLRYLDQFGKTKVHNPICPFFGHPNPPAPCPCPLRQAWGSLDALVGRLRAAYEENGGKPDTNPFGARAVRLYLREVRDLQSKARGVSYEKKKRKRPPPPPPPPPGPGEGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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