Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000220`

染色体: Chr08 坐标: 1495377-1499433 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000220`
名称	SmilChr08G000220
描述	MACPF domain-containing protein At1g14780-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1495377 - 1499433 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999823`
GeneID	`130999823`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999823`
原始查询	`LOC130999823`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MACPF domain-containing protein At1g14780-like
产物	MACPF domain-containing protein At1g14780-like
Arabidopsis	`AT1G14780` (AT1G14780) MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838043] identity=43.6; qcov=1; evalue=8.79e-172; confidence=medium
Rice	`Os02g0475300` (P0419C03.10-2) - identity=61.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway)
KEGG	-
Pfam	PF01823 (MACPF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057781467.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057781467.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057781467.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781467.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781467.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1495668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B140,B91
`Chr8:1495698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B22,C1,C44,C59
`Chr8:1495710`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B85,C47
`Chr8:1495713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr8:1495782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29
`Chr8:1495787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr8:1495824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C21,C24,C25,C5
`Chr8:1495866`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B12,B140,B55,B91
`Chr8:1495959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr8:1495971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:1496099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B67
`Chr8:1496682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B34,B46,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781467.1

610 aa

305

610

MACPF

PF01823 MACPF 18-326 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781467.1`	Pfam	`PF01823`	MACPF	Domain	18	326	6.3e-26	92.3	MAC/Perforin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925484.1
ATTCCTAATAGACATAAGTTAGGTGCATTATTATGTAGTAAAACAATTACTATTATCATACAACGCTAATCGCTAAAGAAGGAGTTGTTGGTAGTCAAACAAATTCGTTGGCGAGCTGAAAAAGGCAAAAGTGGAGTCGGCGACACAAGGCGGCCGGCGGCGGCACCACAAATTTCCGGTGAAATCCGCCTCGCTTTTCTAATTCGACACTAGCATCTGCAGCTTTCCTCTCCGATCGTCGGCGGCGGCGGCCATGATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999823
ATGATCGACGATTACGACGAATACGGTAGGAAGCCGATCGAGGTGCGCGCGACGGAGGCGCTGGGGCTCGGCTTCGACCTCGCCAGCGATTTCAGGCTCAAGTTCGTGAAGAGATGCCCCGGGGGAGGCAGGCTGGTTATTCTGGACGAACGGCGCAAGCGAGACGTCGTCGTTCCCGGCGGCGGCGTCATACGCGATGTGCCGGAGAGTATACATATCGACAAGGGGGATCACGTGCGCTTCAAGTCGGATGTGCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781467.1
MIDDYDEYGRKPIEVRATEALGLGFDLASDFRLKFVKRCPGGGRLVILDERRKRDVVVPGGGVIRDVPESIHIDKGDHVRFKSDVLQFNQMSELLNQKSSLQGKVPSGYLNAIFDLSGTWLNDAADAKYLAFDGYFISIYHLHLTASPLELHDHVKKSVPSRWDPASLSRFIQTYGTHIVVGMAVGGQDVLCVKQKSSSPIPPAELKGYLEELGDCLFSDTNNSPILERTAKDNRRKVPEVFSRMLQTHTMQFTSITETS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器