当前解析结果
SmilChr08G000210| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000210 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000210 |
| 描述 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1434927 - 1437645 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999826 |
|---|---|
| GeneID | 130999826 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999826 |
| 原始查询 | LOC130999826 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| 产物 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| Arabidopsis | AT5G44120 (CRA1)RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435] identity=41.7; qcov=0.996; evalue=4.93e-119; confidence=medium |
| Rice | Os02g0242600 (OsGluBX)- identity=43; qcov=1.03; evalue=1.12e-131; confidence=medium |
| GO | GO:0045735 (nutrient reservoir activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999826 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057781477.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057781477.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057781477.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781477.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781477.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1435049 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,C22 |
Chr8:1435087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:1435088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr8:1435171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C23,C79 |
Chr8:1435195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B137 |
Chr8:1435231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B54,B65,C4 |
Chr8:1435267 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B31,B89,C73,C81 |
Chr8:1435279 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B4,B68,C77 |
Chr8:1435284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B35,C12 |
Chr8:1435356 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B15,B47 |
Chr8:1435375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B104,B25,B35,C12 |
Chr8:1435404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B107,B111,B135,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781477.1PF00190
Cupin_1 54-194 aa
PF00190
Cupin_1 311-457 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781477.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 54 | 194 | 4.8e-62 | 208.7 | Cupin |
XP_057781477.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 311 | 457 | 4.8e-62 | 208.7 | Cupin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。