Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004146`

染色体: Chr01 坐标: 59983881-59989552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004146`
名称	SmilChr01G004146
描述	nuclear pore complex protein NUP93A-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59983881 - 59989552 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999827`
GeneID	`130999827`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999827`
原始查询	`LOC130999827`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear pore complex protein NUP93A-like
产物	nuclear pore complex protein NUP93A-like
Arabidopsis	`AT2G41620` (AT2G41620) Nucleoporin interacting component (Nup93/Nic96-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818760] identity=73.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0349000` - identity=67.2; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005643 (nuclear pore); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0017056 (structural constituent of nuclear pore)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04097 (Nic96)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781481.1`
2	Nuclear pore complex	核孔复合体	1.00000	`XP_057781481.1`
3	Nucleus membrane	核膜	1.00000	`XP_057781481.1`
4	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057781481.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781481.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59984368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B35
`Chr1:59984522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr1:59985716`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,D11
`Chr1:59985829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B112,B17,C3
`Chr1:59986200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:59986233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr1:59986240`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C32
`Chr1:59986240`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C32
`Chr1:59986252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:59987649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr1:59987925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,C27,C49
`Chr1:59988037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781481.1

864 aa

432

864

Nic96

PF04097 Nic96 251-858 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781481.1`	Pfam	`PF04097`	Nic96	Repeat	251	858	2.1e-94	317.8	Nup93/Nic96

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925498.1
ACTCTCTCTTGGGCACGCGCGCTCCGTCTGCAACCAAACTCCTCCCCCTTCTATTTCTTCTTCCATTCCCATTCCCGCCGAAAACAACTCCTAATTTTTCTCCTCATCAATTCCTTCGCATTACTGCCGCTGTTAATTAGAAATTCAAAAATGCAGCAAAAGCTTATACTATCAACAGTGTAACGTACAATAACCATATAGCACAAGTTTTGATGCGTGAAGTACAAGCTCAGTGAAAACGACTTAAAACGGTTTCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999827
ATGGCGAGCGATGCCGACATGAGTGGTTGGACCGGTCTTTTGCATTCCTCTTCGAAGCTAATCGAACAAACCGCTCCTTCTGCTCAGTTTCCGCCGCTTCAGAGGAATTTGGATCAGTTGGAGGCTCTGTCGAAGAAGCTGAAGGCGAAAACCCTACGAGCCGAAGCTCCTTCTCAGTCTATTGCGGCTACTAGGCTATTAGCCCGGGAGGGGTTAAATGCAGAGCAGCTAGCTCGCGATCTCAAGTCCTTTGAATTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781481.1
MASDADMSGWTGLLHSSSKLIEQTAPSAQFPPLQRNLDQLEALSKKLKAKTLRAEAPSQSIAATRLLAREGLNAEQLARDLKSFELKTTFEDVFPAEATTVEEYLQQVHEMAMLSAVQEAQKDNLRSFNDYMMSVLQEDWQKEKRDFLQSLSRISILPRTNIRDSSSGISRQGQIVPMTSGPELSSGQSGAELALLADKPVVEKKAAAYAEVVKNLNSARQHGLPFKPAAAFKNAYESLKMDSSGSKSVSMLKIWHLIMT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器