当前解析结果
SmilChr08G000223| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000223 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000223 |
| 描述 | glycolipid transfer protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1506013 - 1509798 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999835 |
|---|---|
| GeneID | 130999835 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999835 |
| 原始查询 | LOC130999835 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycolipid transfer protein 1-like |
| 产物 | glycolipid transfer protein 1-like |
| Arabidopsis | AT2G33470 (GLTP1)glycolipid transfer protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817912] identity=66.3; qcov=1.01; evalue=7.37e-102; confidence=high |
| Rice | Os02g0622400- identity=69.3; qcov=1.01; evalue=1.35e-104; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0016020 (membrane); GO:0035627 (ceramide transport); GO:0120009 (intermembrane lipid transfer); GO:1902387 (ceramide 1-phosphate binding); GO:1902388 (ceramide 1-phosphate transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08718 (GLTP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999835 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057781492.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781492.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781492.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781492.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781492.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1506463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr8:1507081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr8:1507799 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C53,D11 |
Chr8:1507856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr8:1507859 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr8:1508562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B28,C62,C77 |
Chr8:1508600 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A23,B103,B36,C13,C19,C24,C59,C70 |
Chr8:1508619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,B3,C12,C41,C50 |
Chr8:1508628 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,B93 |
Chr8:1508652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B16,C73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781492.1PF08718
GLTP 24-164 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781492.1 |
Pfam | PF08718 |
GLTP | Domain | 24 | 164 | 3.9e-45 | 154.4 | Glycolipid transfer protein (GLTP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。