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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000254

染色体: Chr08 坐标: 1765160-1770666 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000254
名称SmilChr08G000254
描述protein NPGR2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1765160 - 1770666 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999846
GeneID130999846
locus_tag-
NCBI NameLOC130999846
原始查询LOC130999846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NPGR2-like
产物protein NPGR2-like
ArabidopsisAT4G28600 (NPGR2)
no pollen germination related 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828978]
identity=52.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0471400
-
identity=53.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057781498.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057781498.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057781498.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781498.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1765340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:1765342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B14
Chr8:1765348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:1765378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B70
Chr8:1765387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:1765501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B98,C19
Chr8:1765507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C31
Chr8:1765536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B33,C51
Chr8:1765578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B71,B75
Chr8:1765597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:1765636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B108,C19
Chr8:1765638 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 23 A15,A19,B121,B122,B124,B25,B29,B32,B37,B4,B45,B58,B61,B8,B89,B90,B92,C37,C56,C77,C8,D1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781498.1
728 aa
N
1
364
728
TPR_2
TPR_8
C
PF07719 TPR_2 622-652 aa PF13181 TPR_8 622-652 aa
XP_057781499.1
728 aa
N
1
364
728
TPR_2
TPR_8
C
PF07719 TPR_2 622-652 aa PF13181 TPR_8 622-652 aa
XP_057781501.1
728 aa
N
1
364
728
TPR_2
TPR_8
C
PF07719 TPR_2 622-652 aa PF13181 TPR_8 622-652 aa
XP_057781502.1
728 aa
N
1
364
728
TPR_2
TPR_8
C
PF07719 TPR_2 622-652 aa PF13181 TPR_8 622-652 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781498.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 622 652 1.6e-18 65.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057781498.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 622 652 7.6e-12 45.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057781499.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 622 652 1.6e-18 65.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057781499.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 622 652 7.6e-12 45.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057781501.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 622 652 1.6e-18 65.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057781501.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 622 652 7.6e-12 45.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057781502.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 622 652 1.6e-18 65.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057781502.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 622 652 7.6e-12 45.1 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925516.1
AACAGTTTGTGTCCGTACAGTTAGTCCATAAACAAAACACCATTAATAAAAACGATCTTTTCGAATTAAAGGCTCCCTCTGTCCTGAAAGGGAAGATTCAGTTTGCTCTGATGCTAGTATTTAATGTTTACAGATAAACCCACCTATAACATTTCCTCCTCTGACTTTTGAACCACTTTTTTTGGACGCACTACAACAAAAAAGTCCCCAAATAAATTATTTTTAAAAAAGAAAAGGAAAAAAATAAGTAGTTTAGCTTT...
XM_057925519.1
TCTGCATTTTTATAAGTGTTTCAACTGCTTGCTGTGTGTTCACACTGACGATATGATGGGGGATGGCTATCTCTTCACCCCTTTTTATCTGTCAAAAGTTGCATTGTTTGACTTTCTTTTGTGGGTTTTGTCTGGTGCTAAATCTACCTGGATGTTTGTTATGTTTTGATCTATTGGTGATCAAGAACGCGATAACTGTGATGAGACGGGATGAGCATTAAATATTGGCTTCACAAACAAAAGAACCACTTGTCTTCGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999846
ATGAGCATTAAATATTGGCTTCACAAACAAAAGAACCACTTGTCTTCGAAATTGAGGGAGATGATGAAATGCATGTGCTCCAGCAAGCAACTACGAGTAGATGAAGCCGTTGCTTCGTCAGAGTCCCTGGCAACTCGGGACTATTCAGCAAGCGGATTCTCCTCTCGAGCTGGGGATGCTGATACGAGAGCTGACACCAGTAACATAGAAGAGGCAGAAACATCGCTCCGAGAGAGTGGCTTTTTGAATTATGAGGAAGC...
LOC130999846
ATGAGCATTAAATATTGGCTTCACAAACAAAAGAACCACTTGTCTTCGAAATTGAGGGAGATGATGAAATGCATGTGCTCCAGCAAGCAACTACGAGTAGATGAAGCCGTTGCTTCGTCAGAGTCCCTGGCAACTCGGGACTATTCAGCAAGCGGATTCTCCTCTCGAGCTGGGGATGCTGATACGAGAGCTGACACCAGTAACATAGAAGAGGCAGAAACATCGCTCCGAGAGAGTGGCTTTTTGAATTATGAGGAAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781498.1
MSIKYWLHKQKNHLSSKLREMMKCMCSSKQLRVDEAVASSESLATRDYSASGFSSRAGDADTRADTSNIEEAETSLRESGFLNYEEARALLGRLEYQKGNVEAALTVFEGIDVAAVIPRIKTTLVRRCELPRRHSQSDNTPPMSMHAVSLLVEAIFLKAKSLQALGRYKEAAQSCSAILDTFESAIPEGLPEKFASDCKLLEILNKAVELLPELWKLAFAPQEAILSYRRALLYQWDLDVETRTRIEKDFAVFLLYSGHD...
XP_057781499.1
MSIKYWLHKQKNHLSSKLREMMKCMCSSKQLRVDEAVASSESLATRDYSASGFSSRAGDADTRADTSNIEEAETSLRESGFLNYEEARALLGRLEYQKGNVEAALTVFEGIDVAAVIPRIKTTLVRRCELPRRHSQSDNTPPMSMHAVSLLVEAIFLKAKSLQALGRYKEAAQSCSAILDTFESAIPEGLPEKFASDCKLLEILNKAVELLPELWKLAFAPQEAILSYRRALLYQWDLDVETRTRIEKDFAVFLLYSGHD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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