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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000274

染色体: Chr08 坐标: 1869270-1875723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000274
名称SmilChr08G000274
描述putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1869270 - 1875723 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999863
GeneID130999863
locus_tag-
NCBI NameLOC130999863
原始查询LOC130999863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein RGA3
产物putative disease resistance protein RGA3
ArabidopsisAT3G14470 (AT3G14470)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670]
identity=32.3; qcov=0.88; evalue=1.2e-123; confidence=low
RiceOs05g0492200 (YR1)
-
identity=32.1; qcov=1.04; evalue=1.36e-134; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057781524.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781524.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781524.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781524.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781524.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1872459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,C28,C87
Chr8:1872466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C37
Chr8:1872485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B40,B55
Chr8:1872526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C21,C9
Chr8:1872580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:1872583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:1872611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B20,D11
Chr8:1872641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr8:1872753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,D4
Chr8:1872763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C46
Chr8:1872790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C46
Chr8:1872804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781524.1
1062 aa
N
1
531
1062
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 9-91 aa PF00931 NB-ARC 185-349 aa PF13401 AAA_22 199-287 aa PF23559 WHD_DRP 433-504 aa PF23598 LRR_14 537-836 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 665-798 aa
XP_057781525.1
1062 aa
N
1
531
1062
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 9-91 aa PF00931 NB-ARC 185-349 aa PF13401 AAA_22 199-287 aa PF23559 WHD_DRP 433-504 aa PF23598 LRR_14 537-836 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 665-798 aa
XP_057781526.1
1062 aa
N
1
531
1062
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 9-91 aa PF00931 NB-ARC 185-349 aa PF13401 AAA_22 199-287 aa PF23559 WHD_DRP 433-504 aa PF23598 LRR_14 537-836 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 665-798 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781524.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 9 91 9.6e-23 80.8 Rx N-terminal domain
XP_057781524.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 185 349 6.7e-36 124.2 NB-ARC domain
XP_057781524.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 199 287 1.3e-07 32.7 AAA domain
XP_057781524.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 433 504 7e-25 87.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781524.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 537 836 2.8e-36 125.7 Leucine-rich repeat region
XP_057781524.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 665 798 7.8e-43 146.1 R13L1/DRL21 LRRs
XP_057781525.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 9 91 9.6e-23 80.8 Rx N-terminal domain
XP_057781525.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 185 349 6.7e-36 124.2 NB-ARC domain
XP_057781525.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 199 287 1.3e-07 32.7 AAA domain
XP_057781525.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 433 504 7e-25 87.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781525.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 537 836 2.8e-36 125.7 Leucine-rich repeat region
XP_057781525.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 665 798 7.8e-43 146.1 R13L1/DRL21 LRRs
XP_057781526.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 9 91 9.6e-23 80.8 Rx N-terminal domain
XP_057781526.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 185 349 6.7e-36 124.2 NB-ARC domain
XP_057781526.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 199 287 1.3e-07 32.7 AAA domain
XP_057781526.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 433 504 7e-25 87.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781526.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 537 836 2.8e-36 125.7 Leucine-rich repeat region
XP_057781526.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 665 798 7.8e-43 146.1 R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925542.1
TGTTCAATTTGCACCAATTAATTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCACGCACACATAATCTCACACACATAGCAACTTTTGTAAAGTCTTGTTAAGTTTGCAGCAATTCTCACTCTCTCACACACATACAGAAAATTTAGTAAACTTTTGTTCAGTTTGCACCAATTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACATAGCTAATTTTGTGAACTCTTGTTCAGTTTGCATCAATTCTCTCCCTCTCACACACACAAATC...
XM_057925541.1
TGTTCAATTTGCACCAATTAATTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCACGCACACATAATCTCACACACATAGCAACTTTTGTAAAGTCTTGTTAAGTTTGCAGCAATTCTCACTCTCTCACACACATACAGAAAATTTAGTAAACTTTTGTTCAGTTTGCACCAATTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACATAGCTAATTTTGTGAACTCTTGTTCAGTTTGCATCAATTCTCTCCCTCTCACACACACAAATC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999863
ATGGAAGGAGAAGCTGCTGCCGCCGTCCTTCAAACTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTTTGCAAGAAAGAGATCTCTCAGATCCGAGATCTCAAAAAAGATGCGGCAAAGCTAACTAAGAGTCTCAAAACCATCCAGAAATTCTTGAACGACGCGGAGAAGCGTGACATCACCAGCGAAGCTGTCAAGGACTGGCTGAAGAATCTTGAAGACGTGGCTTTCGATGCTGACAATGTTTTGGATGAAATCAACTATCATAT...
LOC130999863
ATGGAAGGAGAAGCTGCTGCCGCCGTCCTTCAAACTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTTTGCAAGAAAGAGATCTCTCAGATCCGAGATCTCAAAAAAGATGCGGCAAAGCTAACTAAGAGTCTCAAAACCATCCAGAAATTCTTGAACGACGCGGAGAAGCGTGACATCACCAGCGAAGCTGTCAAGGACTGGCTGAAGAATCTTGAAGACGTGGCTTTCGATGCTGACAATGTTTTGGATGAAATCAACTATCATAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781524.1
MEGEAAAAVLQTLVQNLIDLCKKEISQIRDLKKDAAKLTKSLKTIQKFLNDAEKRDITSEAVKDWLKNLEDVAFDADNVLDEINYHILSDQIKPAEPEEENIPSCFSRPSCFSCCKNLSRSRNVALKIKEINENLESINKEAIDLGLVGRLANEPTLVIASSETDSFSDDPVFIGRDDVKLEIVEMLTNSITTDKRKVSIISIVGMGGLGKTTLTRKVFNHLKDETRFGSHIWVHVSPNFDALTLFKKILKELTDQVEGE...
XP_057781525.1
MEGEAAAAVLQTLVQNLIDLCKKEISQIRDLKKDAAKLTKSLKTIQKFLNDAEKRDITSEAVKDWLKNLEDVAFDADNVLDEINYHILSDQIKPAEPEEENIPSCFSRPSCFSCCKNLSRSRNVALKIKEINENLESINKEAIDLGLVGRLANEPTLVIASSETDSFSDDPVFIGRDDVKLEIVEMLTNSITTDKRKVSIISIVGMGGLGKTTLTRKVFNHLKDETRFGSHIWVHVSPNFDALTLFKKILKELTDQVEGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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