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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000301

染色体: Chr08 坐标: 2109236-2113008 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000301
名称SmilChr08G000301
描述uncharacterized SmilChr08G000301
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2109236 - 2113008 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999893
GeneID130999893
locus_tag-
NCBI NameLOC130999893
原始查询LOC130999893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825118]; symbol=AT3G59490; hit=AT3G59490; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825118]; symbol=AT3G59490; hit=AT3G59490; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G59490 (AT3G59490)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825118]
identity=49; qcov=0.789; evalue=2.99e-57; confidence=high
RiceOs09g0515300
-
identity=47.2; qcov=0.43; evalue=4.32e-29; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14953 (DUF4504)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781568.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057781567.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057781567.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781567.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781567.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2109493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B35
Chr8:2109514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B140
Chr8:2110418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C64,C66,C76
Chr8:2110861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B59,C60,C74
Chr8:2111134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:2111136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:2111149 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 17 A16,B104,B119,B126,B128,B129,B139,B140,B16,B38,B39,B4,B63,B7,B93,C55,D5
Chr8:2111208 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B57,C31
Chr8:2111704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B133,B19,B22,B86
Chr8:2112715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B85,C11,C50,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781567.1
300 aa
N
1
150
300
DUF4504
C
PF14953 DUF4504 16-300 aa
XP_057781568.1
251 aa
N
1
126
251
DUF4504
C
PF14953 DUF4504 16-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781567.1 Pfam PF14953 DUF4504 Family 16 300 9.9e-80 268.4 Domain of unknown function (DUF4504)
XP_057781568.1 Pfam PF14953 DUF4504 Family 16 196 1.2e-41 143.7 Domain of unknown function (DUF4504)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925584.1
TGAAGAAAATAAAATGTCACAGTCTTATTATGAAAATGATATAAAGATAGATATCAATTAAATGGTAAAACTTTGGAACTCCATGACATAATTTCTATTTGCCGATTTTTAACTAAGTAACTAACTATGTAAAATAAAAATAAAAATATCATATGCTTATTATTTGCAGTAAATTACTCCTAATTACTTACATTTTAGAGCTGCAGAGGCAGCTAAAACTTTGTTGAGGTTTTTCGGAAAACTGGCAATGGACGCAGCTG...
XM_057925585.1
TGACATAATTTCTATTTGCCGATTTTTAACTAAGTAACTAACTATGTAAAATAAAAATAAAAATATCATATGCTTATTATTTGCAGTAAATTACTCCTAATTACTTACATTTTAGAGCTGCAGAGGCAGCTAAAACTTTGTTGAGGTTTTTCGGAAAACTGGCAATGGACGCAGCTGAATTGGAAGAAGTGTTGAGGGTGTTTGATGAATCTCTTTCCCAAATTAAATGGAGGCTTAAGCCTTCTTCAAAATCTCGGCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999893
ATGGACGCAGCTGAATTGGAAGAAGTGTTGAGGGTGTTTGATGAATCTCTTTCCCAAATTAAATGGAGGCTTAAGCCTTCTTCAAAATCTCGGCTTCAAACTGATATTTTGGCTTTGTGTTCAAGAATGAGACCTTGCATCATGGTAGATTATGGTGGGAAGATGCCTGAATTGGGGAATCATCTTTGTGCATTTCTTGAACACTGCAAAAAGGAGTCCTCGATATTTAAGCTTTTGCACGTCGTGGTAGTAGATGACAT...
LOC130999893
ATGGACGCAGCTGAATTGGAAGAAGTGTTGAGGGTGTTTGATGAATCTCTTTCCCAAATTAAATGGAGGCTTAAGCCTTCTTCAAAATCTCGGCTTCAAACTGATATTTTGGCTTTGTGTTCAAGAATGAGACCTTGCATCATGGTAGATTATGGTGGGAAGATGCCTGAATTGGGGAATCATCTTTGTGCATTTCTTGAACACTGCAAAAAGGAGTCCTCGATATTTAAGCTTTTGCACGTCGTGGTAGTAGATGACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781567.1
MDAAELEEVLRVFDESLSQIKWRLKPSSKSRLQTDILALCSRMRPCIMVDYGGKMPELGNHLCAFLEHCKKESSIFKLLHVVVVDDMVYLVEARALADFVESSLETALLFVDLETDPPKMMTQAEESPAMTQLLSAQKLFSSVFQADGVSSDHLQRHETNGVGSSRDGDAASESPGMVDLSYCLRESDVTIPTLNGWLLGYPVIYLFGKDHIERAVYNLSSKSLHIYQIFVTRSSSSSKGHRKEELMSFTVPYDLSSEGS...
XP_057781568.1
MDAAELEEVLRVFDESLSQIKWRLKPSSKSRLQTDILALCSRMRPCIMVDYGGKMPELGNHLCAFLEHCKKESSIFKLLHVVVVDDMVYLVEARALADFVESSLETALLFVDLETDPPKMMTQAEESPAMTQLLSAQKLFSSVFQADGVSSDHLQRHETNGVGSSRDGDAASESPGMVDLSYCLRESDVTIPTLNGCDFAIDGCLVTPLFICLGRTTSSVLYIISLPSLFTSIKYSSPGLVHRAKDIGRKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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