Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000309`

染色体: Chr08 坐标: 2165418-2166308 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000309`
名称	SmilChr08G000309
描述	dirigent protein 21-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2165418 - 2166308 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999901`
GeneID	`130999901`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999901`
原始查询	`LOC130999901`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dirigent protein 21-like
产物	dirigent protein 21-like
Arabidopsis	`AT1G22900` (AT1G22900) Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897] identity=45.2; qcov=0.756; evalue=3.6e-34; confidence=medium
Rice	`Os12g0174700` - identity=46.5; qcov=0.62; evalue=8.64e-29; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03018 (Dirigent)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057781575.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057781575.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781575.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781575.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781575.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2165637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:2165655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,B97
`Chr8:2165658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C48
`Chr8:2165702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr8:2165733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B128,B3,B93,C55,C80,D2
`Chr8:2165763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr8:2165767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B69,C61,C62
`Chr8:2165793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:2165854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,B97
`Chr8:2165947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr8:2165998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,C57,C82
`Chr8:2166019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781575.1

205 aa

102

205

Dirigent

PF03018 Dirigent 48-187 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781575.1`	Pfam	`PF03018`	Dirigent	Family	48	187	1e-36	126.6	Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925592.1
AAACCAAACACACCAACACATACACCCTTCTCCAAATATATTCAAATTTCTCAAAACAATTTCTAATTATGGCGAACTTAGCCCTTATTCTAACAATCTCGTGCTTCTTCGCGTCCACGCTAAGTGTGGACGCGAGGAGGATAAGGTCCATTGCCGAGGATGAAACAAAATTCCTCGGCAGCGCCTGCTCCGAAAAAGAAAAACTCATAAAGCTCCATTTCTTTGTCCAAGATCTTGGGGTGAACCACCCCCACACCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999901
ATGGCGAACTTAGCCCTTATTCTAACAATCTCGTGCTTCTTCGCGTCCACGCTAAGTGTGGACGCGAGGAGGATAAGGTCCATTGCCGAGGATGAAACAAAATTCCTCGGCAGCGCCTGCTCCGAAAAAGAAAAACTCATAAAGCTCCATTTCTTTGTCCAAGATCTTGGGGTGAACCACCCCCACACCACCACGTACGACGTGGCGGAAGCCTCCATCACCGCCAACTCCGCGACCGGCTTCGGCAAAGTCCGCGTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781575.1
MANLALILTISCFFASTLSVDARRIRSIAEDETKFLGSACSEKEKLIKLHFFVQDLGVNHPHTTTYDVAEASITANSATGFGKVRVIDDLVTAEADANSRPLGRAQGLVTKSDLNTIGITMNINIYFTSGQFAGSTLSILGRNEINDDQRELVVAGGTGVFRFAHGYALQSTAAFGQDLSVLEYYVFTTSGPKFVDLDDVEVVAM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器